| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 850,995 | T→G | 3.3% | intergenic (+30/+19) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,995 | 0 | T | G | 3.3% | 419.9 / 4.6 | 127 | intergenic (+30/+19) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/57); new base G (2/3); total (66/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
ACGGTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTG > NC_000913/850757‑851233 | ggTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCCCTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCGCTCg < 2:711903/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |