| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 850,996 | C→A | 3.1% | intergenic (+31/+18) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,996 | 0 | C | A | 3.1% | 430.5 / 2.3 | 127 | intergenic (+31/+18) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/58); new base A (3/2); total (66/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GGTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTG > NC_000913/850759‑851233 | ggTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTACGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCCCTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCGCTCg < 2:711903/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |