| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,268,879 | G→T | 15.0% | E239* (GAA→TAA) | kdsA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,268,879 | 0 | G | T | 15.0% | 171.2 / 2.8 | 63 | E239* (GAA→TAA) | kdsA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/47); new base T (8/2); total (14/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTACC > NC_000913/1268650‑1269109 | agggtttCTTTGCGATCGCGGTGCTACCTGCGGCTATGCCAACCTGGTTGTCGTTATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCCCGCACTGCAATGCCGCGATCGGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatc < 2:116878/234‑1 (MQ=255)aGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGGGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatc < 1:612733/239‑1 (MQ=255) gATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCatcc < 1:517311/237‑1 (MQ=255) tCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAAGTCTGGGGGGGGTG‑CTTATTTaaaggccatcggaa > 1:774121/1‑226 (MQ=255) gCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGCGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGGTG‑TTTTTTGTAgcgcgacccgccccgga > 1:548469/1‑225 (MQ=255) 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gggCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑GTTATTTAAGCGCATCCCGGTCC‑GGGACATGCGCAATGTGATGGGCCCTCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACCggga > 1:1002552/1‑236 (MQ=255) gcgcgtggtttAGGAAGAAAGGGCCTGGTAACTGGCCGGTTATTGACGACGTGACCCACGCACGGCATGGCCGCGAGCCGTTTGGCGCAGGTTCCGGTGGTCGGCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAAcc < 2:122738/229‑1 (MQ=255) gCTTCAGCATTATGAAGAAAGGGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCTCGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAAcc < 1:703645/238‑1 (MQ=255) 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gTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGGCTTGCGGGGGTG‑TTTATTTAAGCGCCACCGGATCC‑GGGACATCCGAAATGTGGTGGTCCATTCCCGCTGCCCCTGGCTAAACTGGAACCGGTCCCCCAACCGATGAAAGCGCTTTGTGATATGGTGTAAGGGTTCGAAGAACAGTGT‑ACCCGCACGTAATCTTTTTTGTTTTGAAAATACAATATTAGAGTTTTGCGTTaat > 2:67498/1‑237 (MQ=255) gCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACtttttt < 1:312006/238‑1 (MQ=255) cACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATgg < 1:315801/238‑1 (MQ=255) gCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGcc < 2:927284/238‑1 (MQ=255) tCTGGCGTGGCTG‑TTTATATAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTTATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGTCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCg < 2:322246/238‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGCTG‑TTTATTTAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGc < 2:425957/238‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCa < 2:124983/239‑1 (MQ=255) tGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAg < 1:1040172/239‑1 (MQ=255) tGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAg < 1:1019563/239‑1 (MQ=255) ttATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTAcc > 2:1091130/1‑236 (MQ=255) | AGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTG‑TTTATTGAAGCGCATCCGGATCC‑GGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAGCGATTGATGATCTGGTGAAAGGTTTCGAAGAACTGGAT‑ACCAGCAAGTAATCTTTTTTGCTTGAAAAATAAAGTATTAGCGTTCTGCGTTAAGACTTTTTTCATGGGTGCCGGATACAAAAAAGGCCGCAGGCTGTTACC > NC_000913/1268650‑1269109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |