| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,213,306 | G→T | 4.2% | S446* (TCG→TAG) ‡ | yehU ← | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,213,306 | 0 | G | T | 4.2% | 356.3 / 5.0 | 105 | S446* (TCG→TAG) ‡ | yehU | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/42); new base T (2/3); total (60/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCTGACTGGGT > NC_000913/2213076‑2213541 | tCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAg < 1:249025/239‑1 (MQ=255) cATCCCCAGCCAACTGGCATTGGGTACCGGTTGATAAAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGCCGCTGATTGCCACTCGACCTGTATCCAGCAGTCGTGATGTCCCATGATTAATGACGTTTTCCACTCTAGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCACTTGCTTCTGGGATACTTCTTGCGGATTATCACAGTTGACCTGATACCGGGACgggcaca > 2:849755/1‑235 (MQ=255) tCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAgcgc > 1:200768/1‑239 (MQ=255) cccACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCTCGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCATTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCtttt < 2:708180/239‑1 (MQ=255) tGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAAtt > 1:570427/1‑239 (MQ=255) tGGCATTGGTTACCGGATGAGACAAACCGGCTTTGTCTTCGATCGCCAGCATCAAATTGTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCGCTCGCCATGTATCCATCAGTTGTGATGGCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTTCGGAATAGCAATGTTGACCTGCATCCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAAt < 2:1040543/238‑1 (MQ=255) taTTGGTTCCCGGTTTAACCACGCCGGCATTGTTGTCGTTCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCTCTCGCCCTTTATCCAGAAGTTGTGATGTCCCATGTTTACTGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAACCGCGGGTAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGAACCCGCGACTGGAAGCGCGCTTTTTCAATTTg < 2:71085/237‑1 (MQ=255) ttGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGATAGTGGaaaa > 1:774227/1‑218 (MQ=255) ttGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGATAGTGGaaaa < 2:774227/220‑3 (MQ=255) tGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGa < 2:507570/239‑1 (MQ=255) gtttACCGGTGGATACAAACCGGCAGTGGCTCCGATCTCCAGCATCAAACGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCCCTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGGCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGCTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGAt < 2:536893/237‑1 (MQ=255) ggTTCCCGGTTGAGACAACCCGGCATTGTTTTCGATCTCCAGCATCAAATTTTGCCCCTCACGGCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTAGCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGAt < 2:600681/239‑1 (MQ=255) ggTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGAt < 1:1014439/239‑1 (MQ=255) gATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAgcg < 1:1130038/208‑1 (MQ=255) gATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAgcg > 2:1130038/1‑208 (MQ=255) gATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTcaca > 1:573462/1‑239 (MQ=255) gATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTcaca > 1:550174/1‑239 (MQ=255) 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ttCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCAGCTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTGGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAATCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCga > 2:465476/1‑239 (MQ=255) tcCAGGAGCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATGGCCACTCGCCGTGTATCCAGCAGTTGTGAAGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTAGCGGTTGCGGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGGTGGGATAATTCTGTCGGAATAGGAATGTTGCCCTGCAGCCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTTAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGGCGGCGAGAGTAAc < 2:73397/239‑1 (MQ=255) ccAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGACGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACa > 2:774724/1‑239 (MQ=255) ccAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGAt < 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ccAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACa > 1:497168/1‑239 (MQ=255) ccAGCATCAAATGTTACCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGAGATGTCCCATGTGTAATGCCTTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGATGCTGGGTTACTTCTTGCGGAATAGCAATGTAGACCTTCAACCGCGACTGGTACAGCGTCTTTTCAATCTACAGATCAGCATTCACATGTTCACTTTCGTCGTCGagagcacca > 2:695207/1‑234 (MQ=255) cATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAAc > 1:995331/1‑238 (MQ=255) tCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGATAGTGGaaaacgccattaaacatgg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |