| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,706,082 | T→G | 8.5% | F106V (TTT→GTT) | rsxA → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component, inner membrane protein of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,706,082 | 0 | T | G | 8.5% | 310.8 / 25.2 | 94 | F106V (TTT→GTT) | rsxA | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component, inner membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/46); new base G (3/5); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
TTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACC‑‑GAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGATTTTTTTGCCGCTTATCACCACCAACTGTGCAGTGCTCGGCGTGGCGTTGCTGAATATCAATCTCGGGCACAATTTCTTGCAGTCGGCGCTGTACGGTTTTTCCGCCGCTGTCGGTTTCTCGCTGGTGATGGTGCTCTTCGCCGCCATCCGCGAACGCCTTGCTGTGGCTGATGTCCCGGCACCTTTTCGCGGTAATGCCATTGCGTTAATTACCGCAGGTCTTATGTCTCTGGCCTTTA > NC_000913/1705848‑1706319 | tttATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGAttttt > 1:11223/1‑239 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |