Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,304,520 | G→T | 5.8% | intergenic (+129/+586) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,304,520 | 0 | G | T | 5.8% | 221.2 / 4.2 | 79 | intergenic (+129/+586) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/39); new base T (3/2); total (38/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 |
GCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG > NC_000913/2304283‑2304757 | gcGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCg > 1:234111/1‑238 (MQ=255) cGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCgg > 2:782547/1‑238 (MQ=255) gTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCa < 1:1027864/239‑1 (MQ=255) ttACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCa > 1:851848/1‑238 (MQ=255) gCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAgg > 1:1126308/1‑239 (MQ=255) gCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCCACGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCCCCCCGTAgg > 2:1093284/1‑239 (MQ=255) atggtGCGGATGGTGGGGTATACGCAAACAAAGGGAGATGTGAAGTACCGCGTGTGGAAGGCGGAAGAGAAAGTTGACAAC‑GGGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAgg < 2:1162411/233‑1 (MQ=18) 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aCAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGACACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCCCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGGGAAGTGCGCCCCCCCGTAGGTCCGACAAGGCGGGCAAGCCGCCTCCGCCa > 2:724211/1‑239 (MQ=21) tGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCCCGCCGCATCCGACATCCa > 1:648301/1‑239 (MQ=255) tGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCa > 1:545338/1‑239 (MQ=255) aTGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCAcccc < 2:812257/195‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCAcccc > 1:812257/1‑195 (MQ=255) tgAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGa > 1:1200256/1‑239 (MQ=255) tgAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGCCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGCCATCCACCGCCCg > 2:770853/1‑238 (MQ=255) 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cAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcg < 1:523528/239‑1 (MQ=255) gCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc > 1:984807/1‑239 (MQ=255) cACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGCGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgccccc > 1:494026/1‑234 (MQ=255) ccGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:300135/155‑1 (MQ=255) 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tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCGCCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:501738/239‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:984807/239‑1 (MQ=40) cTTATCAGGCCTACACCGGTGTGAAGTGCGGCACCCCGAAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTa < 1:58688/239‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 1:110000/239‑1 (MQ=40) tagttcgcTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 1:1032982/231‑1 (MQ=12) agcAGGCCCACACCGCGGTGAAGGGCGGCACCCCGTAGGGCAGACAGGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:524664/236‑1 (MQ=255) gCCTGCACCGCTGGGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGGGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCt < 1:557950/238‑1 (MQ=255) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTTATGCGGCGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTACAcc > 1:1090040/1‑235 (MQ=255) tACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTACGGCGCATCCGACATCTAACGGCCAAGCCGGTTGCCTGATGGGACGCTGGCGCGTCTTTTCAGGCCTACACCTCtgcgg > 1:698768/1‑236 (MQ=255) 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cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt > 1:576770/1‑238 (MQ=40) tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:298547/238‑1 (MQ=40) aggtcGGCGCCCCGTAGGTCAGAAAAGGCGGTCAGGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc < 1:1093284/235‑1 (MQ=255) aGTGCGGCCCCCGGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGAATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCGTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc < 2:1049699/239‑1 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACCTCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGGCGCTGGCGCGTCCTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAg > 1:1051433/1‑239 (MQ=255) | GCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAAC‑GCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGC‑GGCACCCCGT‑AGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACAT‑CCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAG > NC_000913/2304283‑2304757 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |