| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,608,251 | C→G | 9.8% | A446G (GCG→GGG) | hyfF → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,608,251 | 0 | C | G | 9.8% | 252.7 / 2.0 | 117 | A446G (GCG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/45); new base G (9/4); total (67/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCC‑ATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCG‑CCCTTCAACATTTTTCTTAGCG‑AATTTATGACCATT‑ACCGCCGGACTGG‑CACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGC‑TG‑TTAACGCTGGTGCT‑GGCGGGCCTGGTACGGA‑TGGCTGCGCGGGT‑GTTAATGGCGAAACCGCCG‑CA‑GG‑CCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATA‑TTCCACAACCTGTCATCAGG‑ATCCTGGCGGGC‑GCTTCCACTATAGTCCTCTCAG‑GGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTTCGGAGAAACACAGTGA > NC_000913/2608014‑2608488 | cgcgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCC‑ATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCG‑CCCTTCAACATTTTTCTTAGCG‑AATTTATGACCATT‑ACCGCCGGACTGG‑CACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGC‑TG‑TTAACGCTGGTGCT‑GGCGGGCCTGGTACGGA‑TGGCTGCGCGGGG‑GTTAATGGCg > 1:819233/1‑239 (MQ=255) cgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCC‑ATTTACCGCCGTGCTGTTTGTCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCG‑CCCTTCAACATTTTTCTTAGCG‑AATTTATGACCATT‑ACCGCCGGACTGG‑CACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGC‑TG‑TTAACGCTGGGTCT‑GGCGGGCCTGGTACGGG‑TGGCTGCGTGGGT‑GTTAATGGCGaa > 1:300529/1‑239 (MQ=255) cgtcgtCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCC‑ATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCG‑CCCTTCAACATTTTTCTTAGCG‑AATTTATGACCATT‑ACCGCCGGACTGG‑CACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGGTGTTATTGC‑TG‑TTAACGCTGGTGCT‑GGCGGGCCTGGTATGGA‑CAGGTCCGCGGGT‑GTTAATTGCGAAACCGCCG‑CA‑g > 1:1143597/1‑238 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCC‑ATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCG‑CCCTTCAACATTTTTCTTAGCG‑AATTTATGACCATT‑ACCGCCGGACTGG‑CACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGC‑TG‑TTAACGCTGGTGCT‑GGCGGGCCTGGTACGGA‑TGGCTGGGCGGGC‑GTTAGTCGCGCGACCCCCG‑CA‑gggcct > 2:282950/1‑235 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |