| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,205,084 | A→T | 9.3% | L131F (TTA→TTT) | plsY → | putative glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,205,084 | 0 | A | T | 9.3% | 351.8 / 2.6 | 117 | L131F (TTA→TTT) | plsY | putative glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/74); new base T (10/2); total (41/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GAGCAGCCGTAGCAGTACTGATTTTCGACGTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGC‑GGGAA‑CCTGGTT‑ACTGACCGTGCTATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATTGTCAGTGCACTGATTG‑CTCCGTTTTATGTCTGGTGGTTTAAGCCACAATTC‑ACCTTCCCGGTTTCGATGCTCTCTTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGA > NC_000913/3204849‑3205320 | gAGCAGCCGTAGCAGTACTGATTTTCGACGTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGC‑GGGAA‑CCTGGTT‑Ac < 2:303914/237‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |