| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 386,999 | A→G | 3.5% | H10R (CAT→CGT) | tauC → | taurine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 386,999 | 0 | A | G | 3.5% | 402.4 / 3.2 | 115 | H10R (CAT→CGT) | tauC | taurine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/51); new base G (2/2); total (62/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TACCCACGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGACTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGAATATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCATTCGCGGCGGCTGAAATGGCGCTGGCCGCTCTCGCGTCAGGTGACCTTAAGCATTGGCACGTTAGCGGTTTTACTCACCGTATGGTGGACGGTGGCGACGCTGCAACTGATTAGCCCGCTATTTTTGCCGCCGCCGCAACAGGTACTGGAAAAACTACTCACCATTGCCGGACCGCAAGGCTTTATGGACGCCACGCTGTGGCAGCATCTGGCAGCCAGTCTGAC > NC_000913/386761‑387224 | tACCCACGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGACTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGACTATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCa > 2:163596/1‑239 (MQ=255)tACCCACGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGACTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGAATATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCa > 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aCGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGACTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGAATATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCATTcgc > 2:787803/1‑239 (MQ=255) aCGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGACTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGAATATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCATTcgc > 2:1189367/1‑239 (MQ=255) cGATATAGAAGAAGCGGTGTTTATGGCGGCTGAACTGGTTCTGCTTTCATCCGGCCCTGGCCGTGTGCTGGAGCGGCTGCCGCTCAACTTTGCTCGCCGCTTTGTTGCGGGAGAGTCGAGCCGCAGCATCAAGTCCGATCCACAATTCATCGCCATGCGCGAATATGTTTTAAGCCGCGTATTTGAGCAACGGGAGGCGTTCTCATGAGTGTGCTCATTAATGAAAAACTGCATTcgcg < 1:255690/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |