| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,396,209 | T→A | 3.3% | D48E (GAT→GAA) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,396,209 | 0 | T | A | 3.3% | 425.4 / 2.1 | 112 | D48E (GAT→GAA) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/67); new base A (2/2); total (42/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGGCACAAGGCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTGGTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAAC > NC_000913/4395971‑4396443 | aGGCACAAGGCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAt > 2:768578/1‑239 (MQ=255) gCACAAGGCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTa > 1:1108090/1‑239 (MQ=255) cacaAGGCCGTGAGGCGGGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTa < 2:379024/238‑1 (MQ=255) acaAGGCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAt > 1:849697/1‑238 (MQ=255) acaAGGCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAt > 1:985569/1‑238 (MQ=255) ggCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCCGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGCTCCTGATTAGGCggt > 2:706555/1‑237 (MQ=255) ggCCGTGAGGCGCGCGTGAGTGCGGTTTCCTCTGCGGGTGAATTGTTGCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCACCAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGtt > 2:464425/1‑239 (MQ=255) 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< 1:1026816/220‑1 (MQ=255) tgttgCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaacaa < 2:118519/239‑1 (MQ=255) gttgCTGGCGCGTTTAGCCGGTTATCCTGTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTTGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaacaaa < 2:55757/239‑1 (MQ=255) gttgCTGGCGCGTTTAGCCGGTTAACCTTTGAAAGGTGGCGGGATGATGTATCGCATCAGAAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaacaaa < 2:184728/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |