| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,167,707 | Δ1 bp | 3.8% | pseudogene (108/213 nt) | yegZ ← | pseudogene, gpD phage P2‑like protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,167,706 | 0 | T | . | 3.8% | 331.1 / 5.9 | 105 | pseudogene (109/213 nt) | yegZ | pseudogene, gpD phage P2‑like protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/45); new base . (2/2); total (57/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGGCTTGTACGCGCATGTGCGGCATGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGAGCACCTCTTCCGGTTTTGTTGATGGTGCCATTTTAGTTAATTTACCCTTACAAAACAAACAGATAAAATAAAAACATCACTCATTATCTTCTGTTTCGTACCCCACATCAGAAAGCCTGACCTCAAGCTCTAATGACGTCGTGAAGCCGCTATTATTCAGAAAATGTGTCACCTTAGTGATTGTCCAGTCCTGCTCGTCTATGACGCGCTTAAAGCCAGACACTTTGACCGGTGTTTCCGTGTAAATATCTGCCCGACCGGTAGCCAGGCTGATGGAGAACTCTGCTACACGGGCTTATTTTTTTATGCATAAGCCCTATCTCTGGTAACCGTCTTCCATTGACCACATCGATAGAATCCTCCTTCATAGCACGATGCCTTTCACTTATCGGCATCGTGCTCCCACAGGTTC > NC_000913/2167471‑2167937 | ggCTTGTACGCGCATGTGCGGCATGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGAGCACCTCTTCCGGTTTTGTTGATGGTGCCATTTTAGTTAATTTACCCTTACAAAACAAACAGATAAAATAAAAACATCACTCATTATCTTCTGTTTCGTACCCCACATCAGAAAGCCTGACCTCAAGCTCTAATGACGTCGTGAAGCCGCTATTATTCAGAAAATGTGTCACCTTAGTGATTGTc < 1:1270987/239‑1 (MQ=255) gCTTGTACGCGCATGTGCGGCATGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGAGCACCTCTTCCGGTTTTGTTGATGGTGCCATTTTAGTTAATTTACCCTTACAAAACAAACAGATAAAATAAAAACATCACTCATTATCTTCTGTTTCGTACCCCACATCAGAAAGCCTGACCTCAAGCTCTAATGACGTCGTGAAGCCGCTATTATTCAGAAAATGTGTCACCTTAGTGATTGTcc > 2:928143/1‑239 (MQ=255) gCTTGTACGCGCATATGCGGAATGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGTACACCTCTTCCGGCTTTGTTGATGGTGCCCTTTTAGTTAAATTACCCTTACCACACAAACAGATAAAATAAAAACATCAATCATTATCTTCTGTTTAGTAACCCACATCAGAAAGCCTGACCTCAAGCTCTAATGACGTCGTGATGCCGCTATTATTCAGAAACTGTGTCACCTTAGTCATTGTc > 1:720337/1‑238 (MQ=255) ttGTACGCGCATGTGCGCCAAGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGAGCCCCTCTTCCGGGTTTGTTGATGGTGCCATTTTAGTTAATTTACCCTTTCAAAACAAACAGATTAAATAAAAAAATTCCTCATTATCTTTTGTTTCCTACCCCAACTTAGAAAGCCTGACATCAAGTTCTAATAACAGCGTGAAGCCGCTATTATTCAGAAAAAGTGCCACCTTTGAGACTGTCCa > 2:174077/1‑238 (MQ=255) 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CGGCTTGTACGCGCATGTGCGGCATGCTGGCATAAAGGACAATGAAACATCGCGAGCACCTCTTCCGGTTTTGTTGATGGTGCCATTTTAGTTAATTTACCCTTACAAAACAAACAGATAAAATAAAAACATCACTCATTATCTTCTGTTTCGTACCCCACATCAGAAAGCCTGACCTCAAGCTCTAATGACGTCGTGAAGCCGCTATTATTCAGAAAATGTGTCACCTTAGTGATTGTCCAGTCCTGCTCGTCTATGACGCGCTTAAAGCCAGACACTTTGACCGGTGTTTCCGTGTAAATATCTGCCCGACCGGTAGCCAGGCTGATGGAGAACTCTGCTACACGGGCTTATTTTTTTATGCATAAGCCCTATCTCTGGTAACCGTCTTCCATTGACCACATCGATAGAATCCTCCTTCATAGCACGATGCCTTTCACTTATCGGCATCGTGCTCCCACAGGTTC > NC_000913/2167471‑2167937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |