Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,206,474 | G→A | 9.3% | S5N (AGT→AAT) ‡ | ttdA → | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,206,474 | 0 | G | A | 9.3% | 250.3 / 2.8 | 120 | S5N (AGT→AAT) ‡ | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/66); new base A (10/2); total (47/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCA‑TTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATT‑CACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAACTGGAGTTGCCAT‑GATGAGCGAAAGTAATAAGCAAC‑AG‑‑‑‑‑‑GCA‑GTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATG‑ATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACT‑AAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTC‑GTCGATGGGGAAAATTATCTACCATAC‑GATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCG > NC_000913/3206247‑3206710 | ttCAGCATCGGTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCA‑TTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATAGT‑CACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAACTGGAGTTGCCAT‑GATGAGCGAAAGTAATAAGCAAc < 2:927167/239‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3206247‑3206710 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |