| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 281,089 | A→C | 22.2% | Y299D (TAT→GAT) | yagA ← | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 281,089 | 0 | A | C | 22.2% | 159.5 / 4.8 | 76 | Y299D (TAT→GAT) | yagA | CP4‑6 prophage, putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/5); new base C (2/18); total (53/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCG > NC_000913/280852‑281322 | tCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATa > 2:164818/1‑238 (MQ=255) aCTTTTTCTTCAGGTCGATCACACCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGCACTGCCGCGCTGACGGCTGATACcgc > 1:335555/1‑239 (MQ=255) cTTTTTCTGCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACcgc < 2:1194755/238‑1 (MQ=255) tttCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGCTACCGCGAg > 2:16174/1‑238 (MQ=255) cccACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCa > 1:861542/1‑238 (MQ=255) cTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAgcgc > 1:938523/1‑238 (MQ=255) gTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCgg > 2:863532/1‑237 (MQ=255) gCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCg > 2:361338/1‑239 (MQ=255) cctccccccacgcctctggcgCTGCCGTCTCCCCGCCTCTCCTCCAGCCCCACCCGTCCTCCCAGGAGCGCTTTGCGTGCGCTCAGCCTTCCCCCTCTCACGCGCAGCTTTCCGCTGTTATCCACTTT‑CCTGCCCACCCCCCCTCCTCCGTAGTCCGGGGGGGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTCCGGCCGCGCTGGCGGCTGATCCCGCGGGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCg < 2:417167/218‑1 (MQ=255) ccgtcccccccccccgcgtgcccgCCGTCGTCCCCCTTCTCCTTCACCCCGCCCCTTTCCCCCCCGACCGCTGTGCCTGCCCCCAACTTTCCCCCTTCCCCCCTCAGTTTCCCGTTGATATCCATTTC‑CCGGACCACCCCCCCTCCATCGTATTCGGGGGGCGTT‑GTGTGGCCGC‑TGTCCTCCCGCCCTGCCGGCTGATCCCGCGGGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCgg < 2:848537/216‑1 (MQ=255) tACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCg > 2:1438773/1‑239 (MQ=255) ccccccccccTCGTAGCTGCCGTTTCCCTCCCCCTCCTCCAGCCCCCCCCTTTCCCCCCTGACCCCCTTGCCTGCGCTCAGACTTCCCCCTTTCCCCCCCATCTTTCCGCTGATACCCCCTTC‑CCTGCCCACCCCCCCTTCATCGTATCCCGGGGGCGTT‑GTTTTGCCGC‑TGTCCTGCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGtt < 2:321061/231‑1 (MQ=255) ccccccccTCGTTGCTGCCGTCTCCCTGCATCCCCCCCCGCCCCCCCCGTCCTCCCCTGACCCCCTGCCCCGCTCTCAGATTTCCCCCTTCCCCCCTCATCTTTCCGCTTATATCCCTTTC‑CCTGCCCATCCCCCTTGCAGCGTATCCGGGGGGCTTT‑GTGTGGCCGC‑TGTACGGCCGCGGGGGGGGCTGATCCCGCGCGCGCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCa < 2:568503/233‑1 (MQ=255) 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accacACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGACATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCa < 1:1294749/239‑1 (MQ=255) ccTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGGGTTCAAGGTta > 1:1369514/1‑239 (MQ=255) cTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCa < 1:675063/232‑1 (MQ=255) cTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCa > 2:675063/1‑232 (MQ=255) cGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATCCCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGCTATAg > 2:1330402/1‑239 (MQ=255) gTAGCTCCCGTCTCCCCGCCTCCCCTGCACCCCGCCCCTTTCCCCCCTGACCGCTTGGCCTGCGCCCAGCCCTCCCCTTTCCACCCACGCCTTCCCGCTAATATCCCTTTC‑CCCGCCCACCCCCCCTCCACCGTAGTCGGGGGGGGTT‑GGGTGGCCGC‑TGTCCGCCCGCGCGGGCGGCGGATCCCGGGGGCCCGTTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGa < 2:5143/239‑1 (MQ=255) 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t‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCATTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGc > 1:1035509/1‑239 (MQ=255) cTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCg > 1:564149/1‑238 (MQ=255) tGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCg > 1:1288780/1‑237 (MQ=255) 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ttCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGt > 1:1337022/1‑239 (MQ=255) tCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGt > 2:397367/1‑238 (MQ=255) ggggCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCTCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCggg > 1:379032/1‑231 (MQ=255) ggggCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGa > 1:1123844/1‑232 (MQ=255) ggggCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGccc > 1:1443724/1‑238 (MQ=255) ggggCGTG‑GTTGTGCGCC‑TGTACGGCCGCTCTGGCGGCTGATCCCGCGGGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGccc < 1:164818/238‑1 (MQ=255) gggggttggggtTGCCGC‑TGTCCGGCCGCGCTGACGGCTGACCCCGCGACCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGccc < 1:1086389/228‑1 (MQ=255) ggCGTG‑GTGTTGCCGC‑TGTCCTCCCGCGCTGCCGGCTGAGCCCGCGACCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCa < 1:550118/238‑1 (MQ=255) tt‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCCGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCgg > 1:1173912/1‑239 (MQ=255) gtggtttGCCGC‑TCTCCTCCCGCGCTGCCGCGTGATCCCGCGGCCCGGGTCCCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCg < 1:938287/233‑1 (MQ=255) gtgtTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGAt > 1:148679/1‑239 (MQ=255) gtgtTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGAt > 1:1226582/1‑239 (MQ=255) ttGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATAc > 2:895256/1‑238 (MQ=255) gCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTCATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATAccc > 2:1141926/1‑238 (MQ=255) gTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCa > 2:598372/1‑239 (MQ=255) gTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCAGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCa > 2:1003868/1‑239 (MQ=255) gcgcTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCAGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCcac < 1:1003868/239‑1 (MQ=255) cTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAg > 2:799698/1‑238 (MQ=255) cTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAg > 1:667678/1‑238 (MQ=255) cTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAg > 2:1082466/1‑238 (MQ=255) cTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGGTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGCACCATTTTCCCTg > 1:331894/1‑130 (MQ=255) tGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGCGCGGGCGTTCAAGGATATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAgcg > 1:793742/1‑238 (MQ=255) | TCGACTTTTTCTTCAGGTCGATCACCCCCACTTTCGTGCTGTACCACCACACCTCGTAGCTGCCGTCTTCCTGCATCTCCTTCAGCCCGACCCGTTCTCCCCTGAACGCCTTGCCTGCGCTCAGACTTACCCCTTTCACGCTCAGCTTTCCGCTGATATCCACTTT‑CCTGACCATCACCCCTTCATCGTATTCCGGGGGCGTT‑GTGTTGCCGC‑TGTACTGCCGCGCTGACGGCTGATACCGCGAGCCCGGTACCGCCATATCCAGCGCCTCGTGCGGGCGTTCAAGGTTATAGACCGTCCGCCAGTGGTCGAAGGCGCGCTGCAGTTCACCGCTGTCTGCGAACCATTTTCCCTGCAGCACTTCCGCCTTCAGGCTGCGGTGAAAACGCTCCAGCTTCCCCTGCGTCTGCGGATGATAAGGCCGGGAGTGCCCCACCCGGATACCCAGGCGCATCAGCCACAGCTCCAGCG > NC_000913/280852‑281322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |