Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,364,342 | C→A | 8.0% | S513* (TCA→TAA) | yhcD → | putative outer membrane fimbrial subunit usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,364,342 | 0 | C | A | 8.0% | 534.9 / 2.5 | 163 | S513* (TCA→TAA) | yhcD | putative outer membrane fimbrial subunit usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/60); new base A (2/13); total (89/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
ATCGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAA‑CATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTT‑CAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAAT‑AATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTATTCCATTTGGCAGATCAAACACCGCCACACTGTATACTCGCCATGACGATCATAAAACCCACTATGGTACTGGTGTCATGGGAGTCGTCTCAGATGAGATGTCCTACTATGTGAATGCTGAACGAGATCACGACGAACGTGAAACGAGCTTGAACGGCAGTATCAGTTCCAATCTCCATTACA > NC_000913/3364105‑3364572 | tCGCCATTATCGCGAACTGTCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAA‑CATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTT‑CAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCa < 2:535752/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |