| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,813,071 | A→C | 21.1% | T114T (ACA→ACC) | dfp → | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,071 | 0 | A | C | 21.1% | 154.3 / 5.5 | 90 | T114T (ACA→ACC) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/23); new base C (2/21); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTA > NC_000913/3812836‑3813303 | gcgTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCt < 1:531886/239‑1 (MQ=255)gcgTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCt < 1:901067/239‑1 (MQ=255) tagggccGAATCGGCAAAACCCTTTATCTCCCCGCTTAGCTTGCATGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTTTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTg < 2:49139/234‑1 (MQ=255) tGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGGAGCCGCTATGGGCCAAATTGAGCTTGGGAAATGGGCTGATTTTGTGATTTCCCCCCCTGCCACCGCCGATTTTATTTCCCGGGTTGCCGCCGGCATGGGGGATTAACTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTTGCTCCCCCTGCGGCTGTa > 2:349284/1‑239 (MQ=255) aaGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGt > 1:448779/1‑238 (MQ=255) aGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTTATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATTGCGAATGACCTGG‑TATCGCCGATTTGT‑CTTGCTTCCCCTGCCCCTGTAGCCgg > 1:656998/1‑236 (MQ=255) cAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGTACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGGTTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGCCGCTTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCCGTAGCCGTGCTccc > 1:1083180/1‑238 (MQ=255) cTTTATCACCCCACTTAGCGTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCACGCCAt < 1:604249/237‑1 (MQ=255) ttattccccccACTAAGCTTGCGGGCGTTTTCTGGTTACCCCTTTTCCGAC‑ATTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGCGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTCCCCGTGTTGCTGCCGGAATGCCGAATGCCCTGG‑TATCGACGATTTGT‑CGGGCTACCCCTGCGCTGGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGaa < 2:656998/232‑1 (MQ=255) ttacACCCCCCTTGGCTTGCGGGCGGTTGGTGGTTACCCCGTTCCGGAC‑AGGCGGCGGTCCCCGGCGGCCGAGCCCGCTATGGGCCATATTGAGCGGGGAAAAGGGGCGGAGTTAGTGTTTCTCGCCCCGGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCGGGAATGGCGATGGACCGGG‑TACCGACGATTTGT‑CGGGCTACCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAcc < 2:1083180/236‑1 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGGC‑AGTCTGCTGGACCCCGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTTAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGGAAGACCTGG‑GGTCGACGATTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAc > 1:654967/1‑238 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTTGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGTTTTGT‑CTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCCTGAAcc > 1:1429524/1‑239 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGGTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCCGGGGAAATGGGCTGATTTAATGGTTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGG‑TATCGACGATTTTT‑CTGGCTACACCTGCGCCCGGACCCGTGCTCCCCGCCCTGAAc > 2:78291/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |