| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,683,511 | Δ1 bp | 4.9% | coding (630/1302 nt) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,683,510 | 0 | C | . | 4.9% | 281.9 / 7.1 | 82 | coding (629/1302 nt) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/31); new base . (2/2); total (49/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
CGCAGCCACTACGTGCTGGCAGTTGGTCCTGTTCCTTATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGCCGCCGAATCCCAGGCGTTGAATCGTGATATCAGTCAACTTGAAGCTTTAATTGAAGAGCTGCTGACTTATGCCCGACTCGATCGCCCACAAAACGAGCTTCATCTTAGCGAACCAGACCTGCCGTTGTGGCTGTCAACGCATCTGGCAGATATTCAGGCAGTAACGCCCGATAAAACGGT > NC_000913/1683224‑1683786 | cgcAGCCACTACGTGCTGGCAGTTGGTCCTGTTCCTTATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCa > 1:655615/1‑289 (MQ=255) gcAGCCACTACGTGCTGGCAGTTGGTCCTGTTCCTTATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCa > 2:65058/1‑288 (MQ=255) cTGGCAGTTGGTCCTGTTCCTTATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTa > 2:97956/1‑289 (MQ=255) gTTCCTTATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTc > 1:565981/1‑289 (MQ=255) 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tATCTTTATTATCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTAGCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGCCTTGGCGGCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATGAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTAACGGTATCGCCCACGaa > 1:589877/1‑288 (MQ=255) ttattaTCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCCGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGCCGGTATCGCCCACGAACTGcta > 1:371172/1‑287 (MQ=255) attatCTCCATCAGATGCGATTGCTGGATATCGCCCTGATCGCTTTTATTGCTATTTCCCTCGCCTTTCCGGTGTTTATCTGGATGCGTCCGCACTGGCAGGATATGTTAAAACTGGAAGCAGCGGCGCAACGATTTGGCGATGGGCATCTCAATGAACGTATCCACTTTGATGAGGGTTCGAGCTTTGAACGACTTGGCGTCGCATTTAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAac > 1:631943/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |