Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,183,730 | Δ1 bp | 3.4% | coding (2487/4029 nt) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,183,729 | 0 | C | . | 3.4% | 427.8 / 5.1 | 119 | coding (2486/4029 nt) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/50); new base . (2/2); total (65/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTACATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTAACGCCGAAAGGTGAAACTCAGCTGACCCCAGAAGAAAAACTGCTGCGTGCGATCTTCGGTGAGAAAGCCTCTGACGTTAAAGACTCTTCTCTGCGCGTACCAAACGGTG > NC_000913/4183443‑4184013 | aTCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTcacc > 2:483277/1‑288 (MQ=255) 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cGTTTCACCCCCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTACATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTAACGCCGAAAGGTGAAACTCAGCTGACCCCAGAAGAAAAACTGCTGCGTGCGATCTTCGGTGAGAAAGCCTCTGACGTTAAAGACTCTTCTCTGCGCGTACCAAACg < 1:104142/289‑1 (MQ=255) ttCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTACATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTAACGCCGAAAGGTGAAACTCAGCTGACCCCAGAAGAAAAACTGCTGCGTGCGATCTTCGGTGAGAAAGCCTCTGACGTTAAAGACTCTTCTCTGCGCGTACCAAACGgtg > 2:575958/1‑289 (MQ=255) | ATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACCTCGGTGAACTGGCGCTTGGTCAGAACATGCGCGTAGCGTTCATGCCGTGGAATGGTTACAACTTCGAAGACTCCATCCTCGTATCCGAGCGTGTTGTTCAGGAAGACCGTTTCACCACCATCCACATTCAGGAACTGGCGTGTGTGTCCCGTGACACCAAGCTGGGTCCGGAAGAGATCACCGCTGACATCCCGAACGTGGGTGAAGCTGCGCTCTCCAAACTGGATGAATCCGGTATCGTTTACATTGGTGCGGAAGTGACCGGTGGCGACATTCTGGTTGGTAAGGTAACGCCGAAAGGTGAAACTCAGCTGACCCCAGAAGAAAAACTGCTGCGTGCGATCTTCGGTGAGAAAGCCTCTGACGTTAAAGACTCTTCTCTGCGCGTACCAAACGGTG > NC_000913/4183443‑4184013 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |