| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,854,578:1 | +T | 5.6% | coding (277/759 nt) | ydjF ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,854,576 | 1 | . | T | 5.6% | 275.9 / 12.5 | 71 | coding (279/759 nt) | ydjF | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (38/29); new base T (2/2); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
CGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTAC > NC_000913/1854291‑1854860 | cGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTg < 2:104423/289‑1 (MQ=255) gCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGt < 2:676495/289‑1 (MQ=255) cATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGAt > 1:533428/1‑289 (MQ=255) aTTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATa < 2:326470/289‑1 (MQ=255) aTTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATa < 1:357672/289‑1 (MQ=255) tCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATAAAGGGTa > 1:44446/1‑289 (MQ=255) cgcgcCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATAAAGGGTAGTg > 2:505829/1‑287 (MQ=255) 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tttA‑TTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTac > 2:92384/1‑288 (MQ=255) | CGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTA‑TTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTAC > NC_000913/1854291‑1854860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |