New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4049902 = | 0 (0.000) | 62 (0.820) | 49/502 | NT | 100% | noncoding (5/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA |
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GTATTTGAAGTTCATAAAGATGATGTTGATGCCGTCGCGAAGCAGATTCATCAACTGATGGAAAACTGTACCCGTCTGGATGTGCCGTTGCTGGTGGAAGTGGGGAGTGGCGAAAACTGGGATCAGGCGCACTAAGATTCGCCTGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATTCGCCGTCCTGCGTTTCTTCTACAGGCTGCATCTCGCTAAACCAGGTATCC > NC_000913/4049617‑4050186 | tcaccagcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcgtaagccagagaaataactgactggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTa > 1:434808‑M1/286‑289 (MQ=255) cggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttaccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACaga < 1:284652‑M1/8‑1 (MQ=255) gcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGtag < 1:496144‑M1/13‑2 (MQ=255) ttCATAAAGATGATGTTGATGCCGTCGCGAAGCAGATTCATCAACTGATGGAAAACTGTACCCGTCTGGATGTGCCGTTGCTGGTGGAAGTGGGGAGTGGCGAAAACTGGGATCAGGCGCACTAAGATTCGCCTGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGATAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttg > 1:586627‑M1/1‑280 (MQ=255) 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tattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTAc > 2:232698‑M1/250‑288 (MQ=255) aGCAGATTCATCAACTGATGGAAAACTGTACCCGTCTGGATGTGCCGTTGCTGGTGGAAGTGGGGAGTGGCGAAAACTGGGATCAGGCGCACTAAGATTCGCCTGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt < 2:543575‑M1/289‑40 (MQ=255) aGCAGATTCATCAACTGATGGAAAACTGTACCCGTCTGGATGTGCCGTTGCTGGTGGAAGTGGGGAGTGGCGAAAACTGGGATCAGGCGCACTAAGATTCGCCTGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact < 2:590421‑M1/288‑39 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |