New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1491823 = | 46 (0.610) | 4 (0.050) | 4/492 | NT | 5.7% | coding (147/174 nt) | ydcA | putative periplasmic protein |
? | NC_000913 | 1492363 = | 88 (1.180) | intergenic (+189/‑107) | sokB/trg | sRNA antisense regulator blocking mokB, and hence hokB, translation/methyl‑accepting chemotaxis protein III, ribose and galactose sensor receptor |
TCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAATTGTTGTAAAAATGTGACGCAAAGAGGTTTTTGGTCATAAGTAATTACCGTCAAGTGCCGATGACTTTCTATCAGGAGTAAACCTGGACGAGAGACAACGGTAATGAATACAACTCCCTCACAGCGATTAGGTTTTTTGCATCACATCAGGTTGGTTCCGTTATTTGCCTGCATTCTAGGCGGTATCTTAGTTCTATTCGCATTAAGTTCAGCCCTGGCTGGCTATTTCCTCTGGCAGGCCGATCGCGATCAGCGTGATGTTACTGCGGAGATTGAGATTCGGAC > NC_000913/1492078‑1492651 | tctcCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGTCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCaataa < 1:212501/289‑1 (MQ=255) ctcCTTGCCGGATGGCGGGTAAGCGGCTAAGATCTGAATTGCAAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGCGGCCTTCGCCTTTATGATTCCCTGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCCAGCACCCGCAGGCCTCCTATGCGGTTTCCTTAGGACCGAAAATAATCACTTCAAGAAATTTCGCTCTGTCTTACAGAATTCTTCGTCATTCGGCTTAGCCAGTTTAGCCATTAGTTACTCCCTTCATTCCAATAGCCTTACTTTTCTATACaaaaat > 1:560166/1‑289 (MQ=255) ccTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAAttg < 1:681829/289‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAAttg < 2:362242/289‑1 (MQ=255) tGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAAttgttg > 1:619861/1‑289 (MQ=255) tGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATTTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAAttgttg > 2:511479/1‑289 (MQ=255) tGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGTCTCAGGCACCCGCAGGCATCCTATGAGGTTTCCTTAGGGACGAAAATAATCACTTCACGAAATTGCGTGCTGTTTTCCAGAATGTTTCGTCATTCGGGTTAGCCAGTTTAGCCATTCGTTACTCTCTTCATTCCAATAGCATTAATTTTCTATGCAATAAttgttg > 1:296251/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |