| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,031,646 | A→G | 5.6% | noncoding (67/88 nt) | serT ← | tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,031,646 | 0 | A | G | 5.6% | 243.8 / 3.7 | 71 | noncoding (67/88 nt) | serT | tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/31); new base G (2/2); total (38/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
CTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTCCTTCTCTTTTACTCGTTTAGCAACCGGCTAAACATCCCCACCGCCCGGCCAAAAGAAAAATAGGTCCATTTTTAT > NC_000913/1031372‑1031919 | cTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCtt > 2:77161/1‑289 (MQ=255) tGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTc > 2:582123/1‑288 (MQ=255) aTGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGc > 1:604084/1‑288 (MQ=255) aTGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGc > 1:454710/1‑278 (MQ=255) aTGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGc < 2:454710/278‑1 (MQ=255) tgtgAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAg > 1:669887/1‑288 (MQ=255) aagaaCTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCCATGACAGATGTAAGTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCg < 2:711610/288‑1 (MQ=255) 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ataatgCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTa < 1:17655/288‑1 (MQ=255) tgCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAAcc > 2:613735/1‑288 (MQ=255) cccAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACTCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCCAGACCGGTGCCTTCAAACGCTCGGCCCTACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATACAGATGCGGCCTGTAAACCCCTAAtatgtttg > 2:417410/1‑289 (MQ=255) 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aaaTATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGa > 2:185142/1‑289 (MQ=255) aaTATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGaa > 1:589217/1‑289 (MQ=255) taACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGTTTTCAAGACCGGTGCCTTCAACCGCTCGGCCACACTTCCGGAATGACGCGCACTATAAACATCCCGATGCGGCGTGTAAACCCCTAATTTGTTTGTTTGCCTGAAAAACAGCCAAAAGTGCATTGATAGCGTGAAATAACAGCAGATTGATCATTTCATCACCATGAATTcc < 2:698020/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |