Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,407,779 | A→G | 5.6% | F6S (TTC→TCC) | ydaM ← | diguanylate cyclase, csgD regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,407,779 | 0 | A | G | 5.6% | 240.5 / 2.9 | 71 | F6S (TTC→TCC) | ydaM | diguanylate cyclase, csgD regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/34); new base G (2/2); total (35/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
ACCGGTTCTGTTTCTGTCAGCTTTCGCAAAACAAGCCGACAGCTCAATGCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGG > NC_000913/1407494‑1408065 | aCCGGTTCTGTTTCGGTCAGCTTTCGCAAAACAGGCCGACAGCTCAATTCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAg < 2:477293/288‑1 (MQ=255) tgtttctgtCAGCTTTCGCAAAACAAGCCGACAGCTCAATGCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTa < 2:366918/289‑1 (MQ=255) tctgtCAGCTTTCGCAAAACAAGCCGACAGCTCAATGCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCa < 1:635429/289‑1 (MQ=255) gtCAGCTTTCGCAAAACAAGCCGACAGCTCAATGCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTg > 2:311328/1‑289 (MQ=255) 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ttttGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGAc > 1:33366/1‑289 (MQ=255) tCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGGGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt < 1:340997/287‑1 (MQ=255) gTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTca < 1:609381/288‑1 (MQ=255) tATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcaca < 1:273494/289‑1 (MQ=255) tATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTCATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcaca < 1:107654/289‑1 (MQ=255) aTTTGGGCAGTTCTTTTTGTTGGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCacac < 1:144667/289‑1 (MQ=255) 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tCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTa < 1:547692/289‑1 (MQ=255) cTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGt > 2:441985/1‑289 (MQ=255) aCTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGa < 2:273975/140‑1 (MQ=255) aCTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGa > 1:273975/1‑140 (MQ=255) ccTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCTTTGAGATCACGTTATTTTTATCAATTATTGTTTCTATCGGATTGCAAAAAAGCCACGTCATATGAACAAATAATTCTGATAATGATAGAAGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTCGTATTCACTTTAGCCAGTATTTTATTAATCATTTCAGGCTAACGGGGTGTGTAGATTTTGCGTAACAGCGCCATAAGGca > 1:676997/1‑288 (MQ=255) ccTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATaa < 2:288600/142‑1 (MQ=255) ccTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATaa > 1:288600/1‑142 (MQ=255) cTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTa < 1:270354/289‑1 (MQ=255) cTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTa < 2:533662/289‑1 (MQ=255) ggCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACa > 2:701589/1‑289 (MQ=255) gCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACa < 2:573063/288‑1 (MQ=255) tGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAg > 2:215308/1‑289 (MQ=255) gTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAtt < 2:125365/168‑1 (MQ=255) gTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCAtt > 1:125365/1‑168 (MQ=255) gTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGc > 1:105653/1‑289 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcaca > 1:285059/1‑140 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcaca < 2:285059/140‑1 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAGAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACtgt > 2:187531/1‑289 (MQ=255) tCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGaa < 1:215308/289‑1 (MQ=255) 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ACCGGTTCTGTTTCTGTCAGCTTTCGCAAAACAAGCCGACAGCTCAATGCTGTTTCCTCTTCTTTACGCTGAACAGTGAGGATTTCGATAATATCGTGTTGGTTTTGCAGATCGGAGAGGTATTTCGGCAGTTCTTTTTGTGAGGAGACGGAATAGGGTCCGGTTCGTAGCTGACTAAACGTGAGGTCTTGCATCAACAGTTTCGCCGCGCTATTGGCATAAATTAACTGTTCCTCAAAGGGCGAAACGATCCAGACAGGACTGGTGAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGG > NC_000913/1407494‑1408065 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |