| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,744,990 | T→C | 5.5% | V63A (GTG→GCG) | yiaN → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,744,990 | 0 | T | C | 5.5% | 300.0 / 5.3 | 93 | V63A (GTG→GCG) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/37); new base C (2/3); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
CGCATTCTTTGAACTGCGTCATTTATATCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCTTCCATTCCGTTTATTAT > NC_000913/3744722‑3745275 | cGCATTCTTTGAACTGCGTCATTTATATCAACTCATCACGCGTAGCAATTCTCTAACGTCGCCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTTCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATTTTTGATGTCCAGATCTTTGCACAAACGCTGGTGAACGGCGCCGATAGCTTCTCCTGGCTGGCCATTCGCTTCTTTGGTCTGGCGGTTgcacttctt > 1:677182/1‑280 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |