| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4049902 = | 4 (0.080) | 93 (1.840) | 69/282 | 0.0 | 95.9% | noncoding (5/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
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TGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGC > NC_000913/4049760‑4050042 | tGAACATGCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGCTATGGCTATTAGAACTTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAgg < 2:242435/143‑1 (MQ=255) tgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTAc > 2:340839‑M1/139‑143 (MQ=255) gCCTTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAAAAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGGACtgg > 2:847472‑M1/1‑140 (MQ=255) cgcggtaggccgtctgcgttcttcctgccctaagacatcagtcatctgttctccaatgacgagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggtggtctggagattcagggggccagtctaGGTACag > 1:282451‑M1/137‑143 (MQ=255) ttttttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatt > 1:167784‑M1/1‑137 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACAGAGGt < 1:92958‑M1/11‑1 (MQ=255) tttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgc < 2:776402‑M1/143‑10 (MQ=255) tttCGTAAATAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATACATATGCAAGAAATATAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgc < 2:554771‑M1/143‑10 (MQ=255) tttCGTAAATAAGCAACACAAGCTGTGACATTTAGAGATAGATATAAGAAATTCATATACAACAACTAAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTTATCAA‑AAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTActggatctgc < 1:776736/143‑10 (MQ=255) 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(MQ=255) gagTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttat < 2:167784‑M1/143‑119 (MQ=255) gTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataa < 2:753889‑M1/143‑121 (MQ=255) gTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgacattcgatataa > 1:212340‑M1/1‑23 (MQ=255) ttcagggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCg > 1:570181‑M1/18‑143 (MQ=255) gggggccagtctaGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAAt > 2:66620‑M1/14‑143 (MQ=255) 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NC_000913/4049760‑4050042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |