| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 56 [0] | [2] 58 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 52 (0.960) | 45/264 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCC > NC_000913/3815798‑3816079 | acacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcc < 1:151065‑M2/1‑1 (MQ=255)acacctgctcgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcc < 1:786690‑M2/1‑1 (MQ=255) cacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCg > 2:306966‑M2/142‑143 (MQ=255) gcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaataagtttgccagcgccgcctactgcCGTcccc > 1:95882‑M2/137‑143 (MQ=255) gtgctaagcgcaaatccaataacctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTg < 2:597497‑M2/9‑1 (MQ=255) cgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCaa > 2:25833‑M2/127‑143 (MQ=255) cgcaaatgcaatganctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCaa < 2:832988‑M2/17‑1 (MQ=255) cgaaaagtaaataagctggcgcggagatggtgtcatgccttggctccgcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccgtaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCaa < 2:855868‑M2/17‑1 (MQ=255) aattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAatgat > 1:512338‑M2/123‑143 (MQ=255) aataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGcc < 2:745129‑M2/26‑1 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaacaaaaagacgactcatcagccgccttaaaaatcagtttgccagcgccgcattctgcCGTCCCCCGACAC‑‑TCAATGCTGGGccc > 1:337068‑M2/117‑143 (MQ=255) aaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaacaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgcccgcgccgcgttctgcCGTCCCTCG‑CAC‑TTCAACGATGcgccccc > 1:72920‑M2/115‑141 (MQ=255) aaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagagcagacgtcagcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCACTGCTGCGCCCGt > 2:686683‑M2/115‑143 (MQ=255) aactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcataagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCCATGCTGCGCccgcc > 1:499731‑M2/114‑141 (MQ=255) actggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttactttactacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCcgtgt > 2:192156‑M2/113‑141 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:156873‑M2/34‑1 (MQ=255) gcgctgctatcgtctcatgccttcgctcctcaccttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagttcgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCgg < 1:69376‑M2/35‑1 (MQ=255) gcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaacaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccaacgccgcctgctccCGCCCCCTG‑CAC‑ATCACTCATGCGCCCGCCTCCgg > 1:587275‑M2/109‑143 (MQ=255) gctgatatggttgcatgcctccgctcctcgtcttactttcctacagacagaagaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc < 1:594364‑M2/37‑1 (MQ=255) tgagatggtttcatgccgtcgctcctcatcttacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcaccagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcat < 1:70251‑M2/39‑1 (MQ=255) ggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaacaaggcgactcatcagtcgccttaaacatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGCCTTCGGTCATCactcc > 1:846217‑M2/99‑141 (MQ=255) ttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGtt > 2:804854‑M2/96‑143 (MQ=255) tcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc > 2:601582‑M2/95‑143 (MQ=255) ccacgccttcgctcctcatcttacttgcctaccgacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGAGGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc < 2:116153‑M2/49‑1 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCCTACGgtcct > 2:860790‑M2/93‑141 (MQ=255) tgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATg > 2:306600‑M2/92‑143 (MQ=255) cgcttctcatctgactcttctaccgacaacaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcattttgtcagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtc < 1:991278‑M2/58‑1 (MQ=255) gctcctcatcttacttgtctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtct < 2:335697‑M2/59‑1 (MQ=255) ctcaccttacctttctacccacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGc < 2:351721‑M2/63‑1 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 2:155134‑M2/71‑143 (MQ=255) tacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGCGGCTTCAAc > 2:381336‑M2/66‑143 (MQ=255) acagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGGCGAGTCTTCAACg > 1:512784‑M2/65‑143 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCCACGGAtt > 2:621690‑M2/61‑143 (MQ=255) caaaagaaaggcgcgtcttcggtctccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCGTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTc < 1:45038‑M2/84‑1 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagttcgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTc < 2:4672‑M2/84‑1 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgcattaaatatcagttttccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTcc < 2:956373‑M2/85‑1 (MQ=255) aaaaaaaggcgtctcagcggtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttcggcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCCATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCATCgtatttta < 1:175240‑M2/86‑4 (MQ=255) aaaaaaaggcgactcagcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCa < 2:607243‑M2/86‑1 (MQ=255) aaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCGTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAGTGCAg > 2:560419‑M2/57‑143 (MQ=255) ataaaggcgactcatcagtcgcctcaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa < 2:566725‑M2/88‑1 (MQ=255) aaaaaggcgactcatcagtcgcttgaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGCTGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa < 1:428142‑M2/88‑1 (MQ=255) cgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCaaa < 2:390911‑M2/95‑1 (MQ=255) tcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATAATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTc > 2:663911‑M2/42‑143 (MQ=255) gccttaaaaatcggtgcgccagcgccgccttctccCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGtt < 1:80588‑M2/108‑1 (MQ=255) cttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCCTCGCCGTTca > 1:227276‑M2/34‑143 (MQ=255) cttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCAGTCATCACTACGCTCATGTCGGTCTCTGCGGCACAGCCTTCACCGTATTCCACCTCGCACACCCCACCGCCCTTca > 1:586448‑M2/34‑143 (MQ=255) aaagcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCCGAGCCTTCCACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTCCACACtt > 1:677874‑M2/29‑143 (MQ=255) aatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTCTTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAattg > 2:352576‑M2/28‑142 (MQ=255) catgtcgccagcgccgcctactgcCGTCCCCTG‑CAC‑ATCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCAGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 1:544710‑M2/119‑1 (MQ=255) ccagcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGCCAGAAAc > 2:254811‑M2/18‑143 (MQ=255) agcgccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACCGAAACTg > 2:647377‑M2/16‑143 (MQ=255) gccGCCTTCTGCCGTCCTCTC‑CAC‑CTGATGGTTGCGCCCGTGCTCGGTTATCGTTGCGTTCGTGTTGTTGTCTGCGTATGAGTCTTCAGCTTATGCCGGGTCGCAAACCGCGTGGCCGTTGACAATTCCGACAGAAACTGCgg < 1:939515/141‑1 (MQ=255) ccgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACTTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGc < 2:95882‑M2/132‑1 (MQ=255) cgccttctgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACAGCGGCt > 1:810591‑M2/11‑143 (MQ=255) cTTCTGCCGTCCCCTG‑CAC‑TTCATTGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCCTACGTTCATGTCGAACTCTGCCGCAGAGTCTTCCACGTATTGCAGATCAAAAACCGCTTCGCCGTCTACAACTCCGACGTCAACTCCGGATAcc > 1:1006195/1‑143 (MQ=255) tgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATcc < 2:512338‑M2/140‑1 (MQ=255) tgcCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATcc < 2:803530‑M2/140‑1 (MQ=255) tgcCGTCCCC‑G‑TACATTCAATGCTGCGCCTGTCTACGGGCATCACTACGTTCTTGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATcc < 1:294932‑M2/140‑1 (MQ=255) | ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTG‑CAC‑TTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCC > NC_000913/3815798‑3816079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |