Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,206,481 | G→A | 31.5% | K7K (AAG→AAA) | ttdA → | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,206,481 | 0 | G | A | 31.5% | 41.0 / 12.0 | 41 | K7K (AAG→AAA) | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/21); new base A (10/2); total (16/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.90e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAG‑ACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTA‑CCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTC > NC_000913/3206246‑3206714 | aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAG‑ACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCaa < 1:285995/239‑1 (MQ=255) ttCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGGGAATTTTTCAC‑AAAAAAACAAAAAATGGAGTTGTCCTTGTGT‑GGGAAAGTAATAAGAAAc > 2:250348/1‑239 (MQ=255) tCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTTTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAG‑ACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACa < 2:341723/239‑1 (MQ=255) cATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTTTAT‑ACCAAAAAAAAAAATCGAGTTGGCCTGATTA‑GCGACAGGAATAAACaaacagca > 2:25988/1‑233 (MQ=255) 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aaCTGGGGTTGCAAGGAGGA‑GGAAAAGTAAAAAGCAAGGGGAGGGGAATAGATTGAAGGAGATTGCGGCAAACTTAACCGCCATGATTTCTA‑CCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCgggg < 2:150395/239‑1 (MQ=255) a‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTA‑CCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGAGAGATTAt > 1:411135/1‑227 (MQ=255) aataaCAAACAGGAAGTGAATAGTTTGACAGAGTTGTTCGTAAACTTTACCGCCATGATTTCTA‑CCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTc < 1:304520/239‑1 (MQ=255) | ATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAATTTTTCCAG‑ACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGA‑GCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTA‑CCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTTAAAGTCGGTTC > NC_000913/3206246‑3206714 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |