| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,331,521 | T→C | 2.5% | I340T (ATC→ACC) | proP → | proline/glycine betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,331,521 | 0 | T | C | 2.5% | 577.3 / 2.3 | 157 | I340T (ATC→ACC) | proP | proline/glycine betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/66); new base C (2/2); total (88/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TGTTGACATGTATTGGTCTGGTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTATGGCTTCTACCTTGCCAGCGATGTTCCCGACGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGGCATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATG > NC_000913/4331284‑4331756 | tGTATTGGTCTGGTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGtt > 1:383677/1‑239 (MQ=255) tATTGGTCTGGTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTa > 2:728794/1‑239 (MQ=255) ggTCTGGTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAtt < 2:44386/237‑1 (MQ=255) gTCTGGTAATTGCAACCAACGTGAATTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCAGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCAGTCGTCCGTTTGTGCGACTTGGTAGTGTTGACGTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTAt > 2:161370/1‑235 (MQ=255) cTGGTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGAt < 1:640089/239‑1 (MQ=255) ggTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTa > 1:171156/1‑239 (MQ=255) gTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTa > 1:579855/1‑238 (MQ=255) gTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTa > 2:441138/1‑238 (MQ=255) gTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTa > 2:1381517/1‑238 (MQ=255) gTAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTGTGTTTCGTCGTCTGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTCTCCTAGTGTGCTGTGGCTATCCCGGCGTATATTCTGAGTa > 1:5123/1‑238 (MQ=255) tAATTGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTaa < 1:142477/238‑1 (MQ=255) tGCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGCTTGTCCAGCCGGTGATGGCCTTGCTGAGTGACCGTTTAGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTa > 2:363167/1‑239 (MQ=255) gCCACCAACGTGACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATccc < 1:275583/215‑1 (MQ=255) 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gACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGcc < 1:142368/239‑1 (MQ=255) gACTTACTACATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGcc < 2:540885/239‑1 (MQ=255) actacATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGAACACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTCCTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGAtt > 2:292841/1‑239 (MQ=255) cATGTTGCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTg < 1:597070/239‑1 (MQ=255) gCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGAtt < 1:929940/205‑1 (MQ=255) gCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGAtt > 2:929940/1‑205 (MQ=255) gCTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGt > 2:381770/1‑239 (MQ=255) cTGACCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGtt > 2:118462/1‑239 (MQ=255) aCCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGTTCCCGGGGTTTATTCTGATTAACAGTACCGTCATCGGCTTGATTTTTGCCGGGtt > 2:1223377/1‑236 (MQ=255) aCCTATATGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGtt > 2:743208/1‑236 (MQ=255) 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tatGCCGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATccc > 2:1252421/1‑180 (MQ=255) tatGACGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGAGCTACTTGGTAGTGTTGCCATGTTTGTGTTGTTGATCACGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGACCTGATTTTTGCCGGGTTACTGAt > 2:133971/1‑237 (MQ=255) acgCCGAGTTATTTGTCTCATAACCTGGATTACTCCGAAGGCCACGGGGTGGTGATTATTATTGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGATTGACGGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGACCTGTTTGTGTTGACGAGCCCGTCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCTGACTGATTTTTGCCGGGTGACTGATGCt < 2:12615/237‑1 (MQ=255) cGAGTTATTTGTCGCATAACCTGCATTACTCCGACGACCACGGGGTGCTGATTATTCTCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCg > 2:583218/1‑239 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |