| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,228,227 | G→C | 16.2% | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ ← | pseudogene, putative channel/filament proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,227 | 0 | G | C | 16.2% | 124.4 / 2.8 | 59 | pseudogene (381/1287 nt) | mdtQ | pseudogene, putative channel/filament proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base C (8/2); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227994‑2228459 | ttcattttcCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTc < 2:197293/239‑1 (MQ=255) ccccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGccc < 1:31047/239‑1 (MQ=255) cccGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGACAGCC‑AGCAATTGGCGTG‑TTTGCTCGCCGTTCC‑CCGccc > 1:1389657/1‑238 (MQ=255) gcgACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTACCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGc < 1:443207/239‑1 (MQ=255) 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ggcctccGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTGGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGTTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATAGCGAGATG‑CCGG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATc < 1:1034106/232‑1 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCG‑CGTTTCGCCGCCCCTGCTTTTACCGCACCCCGGCGGGGCGTAAACCCCCCCCCGTTCTTTTCCCCGAAATCCAGATGCCCGG‑CCCCCCGTT‑AGCCCAAAATACCGGTTGGGTACCCCCGGGCGGGCGGACCCGC‑CGGCGGGACGGT‑CCGAGCAAACGG‑GCCCCTTAAACCCTCTGCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCctattc > 2:689866/1‑236 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑GTTTCTCC‑CGGTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGCACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCCCCCCATTCTTTCCCCCGATATCGAGATG‑GCCG‑CCCCCCGTTAAGCCAAAAGTACCGCTGGGGGACCACGGGCCGGGCGGACCCGC‑GGCCGGCGCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCCTTAAGCCCTCTTCCGCCCTTTTTTTCCGCCCCCTATcc > 2:782493/1‑238 (MQ=255) ccagcc‑agCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCCCCGCAAAggc > 1:37076/1‑237 (MQ=255) attggggggg‑TTTGCTCT‑CTTCCCGCCGCCCGTGCTTCAACCGTCCCCGGGCGGGAAATACCCCCCCCCGGATTCTTCCCCCAGATATGGAGTTC‑CCGC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCgg < 1:488303/232‑1 (MQ=255) ggggggttttGCTCG‑CGTCCCCCCCCCCTTTCTTTACCCGTCCCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGTTTCTTCCCCCAGATATCGAGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGa < 2:643030/230‑1 (MQ=255) ttGCTCG‑CGTTCCCCCGCCCGTGCTTACACCGTACCCAGGGGGGCAGTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGAAACCGGGATG‑CCAC‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAg < 2:531076/239‑1 (MQ=255) | TTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACG‑CCGCCTGGGTTTGCCACT‑CCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCC‑AGCAATTGGCGGG‑TTTGCTCG‑CGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATG‑CCAG‑CCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTT‑CAGAGCAAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAG > NC_000913/2227994‑2228459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |