Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,376,029 | A→C | 12.8% | G263G (GGT→GGG) | menB ← | dihydroxynaphthoic acid synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,376,029 | 0 | A | C | 12.8% | 252.9 / 2.1 | 93 | G263G (GGT→GGG) | menB | dihydroxynaphthoic acid synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/30); new base C (2/12); total (49/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCAGGTTTCCTGACTGAAGCCCGG‑CAGTGGGGAGATCTCCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCGCCAGCTCCTGCAGCCCCGCCTGCCCGTCACAGTCGGCGTTCAGTGCAGCTTTCAGGCAGCGCAGCGCCATCGGGCTGTTTTGCAGCATTTCGCGGCACCAACGGACGGTTTCTTTTTCCAGATCCGCCAGCGGTACCACGGTGTTCACAAGGCCCATATCCAGCGCCTGTTTTGCGTCGTACTGACGGCACA > NC_000913/2375792‑2376261 | cccAGGTTTCCTGACTGAAGCCCGG‑CAGTGGGGAGATCTCCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGa > 2:1304969/1‑238 (MQ=255) gTTTCCTGACTGAAGCCCGG‑CAGTGGGGAGATCTCCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACcttct > 1:113236/1‑239 (MQ=255) ccggccggacgCCCGG‑GAGGGGGCAAACCCCCCCCCCCCCTTCCCCCCCGCTTCCAGCCAGCCAAACATCCGCCCCTGCCGGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCg < 2:1342433/229‑1 (MQ=255) ccTGACTGAAGCCCGG‑CGGTGGGGAGATCCCCCCCCACCCTGCGCGCTCGCCTTCCCGCAGGCAAACATACAGCCCGTGGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCg < 1:391173/239‑1 (MQ=255) ccTGACGG‑AGCCCGGCCAGTGGGAAGATCCCCCCCCCCCCTGCGCGCCCGCCTCCACGCAGGCAACCATACAGCCCGGCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCg < 2:657432/239‑1 (MQ=255) ctgactgaAGCCCGG‑CAGTGGGGAGATCTCCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGCCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCg > 1:716753/1‑238 (MQ=255) ctgagccccGG‑CAGGGGGGAGATCTCCCCCCCCCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATg < 1:81078/233‑1 (MQ=255) tgacccccGG‑CAGGGGGGATATCTCCCCCCCCCCTGCGCCCCCTCTTTCGCCCAGGAAAACATCCGGCCCGTCGCGGGTTTTAAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATg < 2:196700/233‑1 (MQ=255) tgaAGCCCGG‑CAGTGGGGAGATCTCCCCCCATCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGCCCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCCTGt > 2:57646/1‑239 (MQ=255) gaaaaagagcgagggggggAACTCCCCCCCCCCCCTCCGCGCTCGCCTCCACGCAGGAAAACATCCCGCCCGTCGGGGTTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATg < 2:301229/224‑1 (MQ=255) 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cggtgagaagaTCCCCCCCCCCCCTTCGCGCACGCCTCCACGCAGGCAAACATACGGCCCGGCGCGGTTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGACCCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCa < 1:1384255/230‑1 (MQ=255) gggggggAGATCTCCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCCCGCGGGCAAACATACACCCCGGCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCAt < 1:412482/235‑1 (MQ=255) tcCCCCCACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGCATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCCTGGTGGCGTTGccc > 1:1343813/1‑239 (MQ=255) 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cccccACCCTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCg > 2:476559/1‑238 (MQ=255) ccccccTTCGCGCCCGCCTCGACGCAGCCAAACATCCCGCCCGACGCAGTTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCGCCAg < 2:408146/236‑1 (MQ=255) cTTCGCGCTCGCCTTCACGCAGGCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCGCCAGCt > 1:1208743/1‑236 (MQ=255) 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gCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCGCCAGCTCCTGCAGCCCCGCCTGCCCGTcaca > 1:1236437/1‑239 (MQ=255) gCAAACATACAGCCCGTCGCGGGTTTTTAA‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGCGGTATACCTGCCCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGTTGGCGTTGCCCGCCAGCTCCTGCAGCCCCGCCTGCCCGTcaca > 1:496034/1‑239 (MQ=255) ccatccgccccgcggggggTTTTTAC‑CCGCCTGTCGCGCAGAACCACCCCCGCGTCCATGGGGATCTGCCAGGGGTATACCTGCGCGCTACGCATTACGGATTCCGTT‑TGAATTTGCT‑GAAGTCAGGCTGACGTTTCTGGTTGAAGGCGTTGCGACCTTCCTGACCTTCT‑TCCGTCATGTAGAACAGCATGGTGGCGTTGCCCGCCAGCTCCTGCAGCCCCGCCTGCCCGTCACAGTCg < 1:1013196/223‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |