| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,697,739 | T→G | 10.8% | V428G (GTG→GGG) | bcsE → | cellulose production protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 10.8% | 401.4 / 6.3 | 137 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/78); new base G (16/2); total (57/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
AAGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGTGC‑TGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697502‑3697976 | aaGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGt > 1:1153962/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |