| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,745,034 | A→T | 16.1% | I78F (ATT→TTT) | yiaN → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,745,034 | 0 | A | T | 16.1% | 215.3 / 10.8 | 124 | I78F (ATT→TTT) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/51); new base T (3/16); total (54/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGA‑TG‑AAACTGGTGGGG‑CATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCT‑GGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCG‑CCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCTTCCATTCCGTT > NC_000913/3744797‑3745269 | ttAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGGCGCTTGTTAAAACGCAt > 1:1074730/1‑239 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑GATGCGGGCGGCTTGTCCAAACGCAttttttc > 1:1358390/1‑236 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑CATGCGGGGGGCTTGTCAAAAAGCAttgttgg > 1:804762/1‑237 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGGTTGTGAAAAAGGAttgttta > 1:952287/1‑236 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGGGGAATAATG‑TAAGTGGGCGGCTTGTCCAAAAGGATTGTTGa > 1:1069171/1‑238 (MQ=255) tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGGGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCCTTGTTGa > 1:79358/1‑238 (MQ=255) gCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGCAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCCttgttgt > 1:1188863/1‑235 (MQ=255) 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aTTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGCGCTGGCGGGGTGAATCCTG‑AATGGGGGGGGGTTGTTCAAACGCATTGTTGAGCTGCCgtggaa > 2:730862/1‑234 (MQ=255) tttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGA‑TG‑aaa < 1:999583/239‑1 (MQ=255) cTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCTTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGA‑TG‑AAACtggt < 1:21623/239‑1 (MQ=255) 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TTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGA‑TG‑AAACTGGTGGGG‑CATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCT‑GGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCG‑CCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCTTCCATTCCGTT > NC_000913/3744797‑3745269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |