| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458873 = | 90 (0.720) | 5 (0.040) | 5/438 | NT | 5.3% | intergenic (+173/‑15) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | = 575785 | NA (NA) | intergenic (‑32/+1) | insH1/nmpC | IS5 transposase and trans‑activator/DLP12 prophage, truncated outer membrane porin (pseudogene),IS, phage, Tn, Phage or Prophage Related, outer membrane porin protein, locus of qsr prophage | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTGCGCGATGTGGTGGTTTATCCGCACATGGTCATCCCCTTATTTGTCGGGCGGGAAAAATCTATCCGTTGTCTGGAAGCGGCGATGGACCATGATAAAAAAATTATGCTGGTCGCGCAGAAAGAAGCTTCAACGGATGAGCCGGGTGTAAACGATCTTTTCACCGTCGGGACCGTGGC > NC_000913/458635‑459111 | gATGGTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAAc < 1:1023983/239‑1 (MQ=255) tgtagagccccggattgacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaataggggccagaattgctgaccatttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTa > 2:809702‑M1/150‑238 (MQ=255) ggTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTaa > 2:1116776/1‑239 (MQ=255) tCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAaga > 1:1167337/1‑239 (MQ=255) tCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAaga > 1:1218804/1‑239 (MQ=255) aaaGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAagaga < 2:118694/239‑1 (MQ=255) aaGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAagagag < 2:70368/239‑1 (MQ=255) cggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATGCCCATATACTGCCGAACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGc < 2:383438‑M1/98‑1 (MQ=255) cggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGc < 2:109348‑M1/98‑1 (MQ=255) gCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAagaga < 2:1148682/226‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) accaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATcccc < 1:539090‑M1/137‑1 (MQ=255) aataatTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGTATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGcc > 1:319803/1‑236 (MQ=255) aatTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTgcg < 1:427589/239‑1 (MQ=255) 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2:697534‑M1/4‑188 (MQ=255) tccCTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTGCGCGATGTGGTGGTTTATCCGCACATGGTCATCCCCTTATTTGTCGGGCGGGAAAAATCTATCCGTTGTCTGGAAGCGGCGATGGACCATGATAAAAAAATTATGCTGGTCGCGCagaaaga < 1:697534‑M1/185‑1 (MQ=255) tccCTAAGAAAGAGCGCGATGAAACCGTAGCGTTCTGAACGAATTGAAAGCCCCGTAGTGGCGCGGCGCGATGTGGTGGTTTATCCGCACATGGTCATCCCCGTATTTGTCGGGCGGGAAAAATCTATCCGTTGTCTGGAAGCGGCGATGGACCATGATAAAAAAATTATGCTGGTCGCTCAGAAAGAAGCTTCAACGGATGAGCCGGGTGTAAACGATCTTTTCACCGTCGGGACCGt > 2:454364‑M1/4‑239 (MQ=255) aaaCTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTGCGCGATGTGGTGGTTTATCCGCACATGGTCATCCCCTTATTTGTCGGGCGGGAAAAATCTATCCGTTGTCTGGAAGCGGCGATGGACCATGATAAAAAAATTATGCTGGTCGCGCAGAAAGAAGCTTCAACGGATGAGCCGGGTGTAAACGATCTTTTCACCGTCGGGACCGt < 2:539090/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |