Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 421,608 | T→G | 12.1% | V208G (GTG→GGG) | proY → | proline‑specific permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 421,608 | 0 | T | G | 12.1% | 264.8 / 5.7 | 120 | V208G (GTG→GGG) | proY | proline‑specific permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/59); new base G (14/3); total (57/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGT‑GATGTTTGC‑TTACGGTGGGATCG‑AAATTATCGGGATTACCGCCGGTGAAGCGAAAGATCCTGAGAAATCGATACCGCGTGCGATTAACTCCGTGCC‑GATGCGTATTCTGGTGTTCTACGTCGGTA‑CGCTGTTCGTCATTATGTCTATCTACCCGTGGAATCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAA > NC_000913/421371‑421845 | gCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGt < 1:417055/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |