Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,088,444 | 0 | G | T | 9.2% | 500.2 / 2.6 | 160 | Q471K (CAA→AAA) | frvR | putative frv operon regulator, contains a PTS EIIA domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/90); new base T (15/3); total (67/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGACTAATTGCGCACAAATTTGCCGGGTAATATGTT‑GCCAGCTTTCACCGCGTA‑CATTCGAATAATGAAAACTTCCGGGGGCAGA‑GAAAAAACGCTCCGGCTGTTGGCGAATAAATGCCGTCG‑CCAGAAAATGTTTTATTTGTTCGATACCGGCAGCCGTAATGA‑TATTTTTTA‑CGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATC > NC_000913/4088210‑4088679 | ttAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTGTTGTGCGGCTAATTgcgc > 1:689202/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |