| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,286,983 | A→G | 6.6% | intergenic (+457/+83) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,983 | 0 | A | G | 6.6% | 200.3 / 2.3 | 79 | intergenic (+457/+83) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/36); new base G (2/4); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGA > NC_000913/1286750‑1287220 | cgttCGGGGTGTTGCCGGCTGTACCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTGGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTTGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:321779/237‑1 (MQ=14)ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:334028/239‑1 (MQ=255)ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:21805/239‑1 (MQ=255) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCTCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:1148742/239‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc < 1:920788/238‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGCGCCGAACCTTCGTCGTAGCTTCTCa > 1:345560/1‑238 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:1292670/239‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGCACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGACTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCCCTCGCTGACG‑CCCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATc > 1:639412/1‑238 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTAAGCGCTGAGCGGTTGGCGCGTCGGGTCGTGGCGTCCGCCTACGCGCTCTCGCGGACGACACCAG‑CGAGCCTTAGCAGATTGTTCTCATCCTTccc > 2:540775/1‑239 (MQ=14) gCTTTCTCTCTGGCTCTCAAGCCGACCCGTGGTGGAATCGTCTCACCCTTACCCGCTTGGGCAGAATGTTTGATTGCGGATTCGTTTGAGGATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:837814/239‑1 (MQ=14) gCTCTCTCGCTGGGGCTCAGGTCTAACCTGGGGCGAAGGTTTTCATCCTTCCCCGGTTGGGCAGAAGATTTGAGTGCGGGTTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:1237616/239‑1 (MQ=14) gCTCTCTCGCTGGCGCGCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:962397/239‑1 (MQ=255) tctctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGTTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:70344/239‑1 (MQ=255) tctcgcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGTTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTGTGAGAATGCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:622273/239‑1 (MQ=255) gCTGGCGCTCAAGTCGAGGCGTGGTGGAAGCTTCTCGTCCTTCGCCGTTTGGGCAGAATGGTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAata < 2:1158942/238‑1 (MQ=14) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CCCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCGGAATATTTGAtt > 1:587823/1‑239 (MQ=255) ttCGACCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGAt < 1:858264/238‑1 (MQ=255) cGACCCTGGGTCGAAGTTTTTCCTCCTTCCACGTTTGGGCAGAATATTTGATTGGGGATGCGTTTGAGAATTCGGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGAtt < 2:1110869/238‑1 (MQ=14) ttGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTga < 1:237469/239‑1 (MQ=255) aTCGTTCCCCGCAGGGGCATAAGATTTAATTGCGGAGTGGTTTGAGAATTCCGGTGCTTATGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACtttt < 2:42469/239‑1 (MQ=14) ttCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTGGCCCTTCGGGTCGAGTCCTGCGGCAACGCTCTCTGGCTGACG‑CTCGAGCCGATCCTTGGTAGAAGCTTGTCATCCTTCCCCGCATTGGCCGAATATTTAATTACGGGTTCGTTGGGGAGTGCAGGGGCTGTTGgaa > 2:754684/1‑239 (MQ=11) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGGGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGTCATCTCTGCGTCCTTCGCCCTTCGGTTCGTGGCCTGGCGCAATGGCCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTCAACGTATGTTCTCATGCTTCCCCGTAAGGGCGGGGTAGGTTGTTGCTGATTCGCCTCTGATTTCAGCGACgtttagcag > 2:5125/1‑234 (MQ=9) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGCACCTTAGGCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGAATCGTTTGAGAATTCAGGGCATTTTGgaat > 2:236383/1‑238 (MQ=14) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACtttt < 1:197588/234‑1 (MQ=255) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACtttt > 2:197588/1‑234 (MQ=255) ccccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTTGCTCGGGAGTTCAGTGCCTTTTGAAAGt > 1:231435/1‑239 (MQ=255) cTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATCTTTGATTGCGACTTCGCTTGGGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtgg > 1:593271/1‑239 (MQ=255) tGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggtg > 1:1092500/1‑239 (MQ=255) gatttgatttgGGCGTCGTTTGAGATTTTCATGATTTGTGTAAGG‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg < 2:997307/236‑1 (MQ=14) tttGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTgag < 1:1176690/200‑1 (MQ=255) ttGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGACTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:501165/239‑1 (MQ=255) ttGATTGCGGATTCGTTAGAGAATTCAGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:742128/239‑1 (MQ=255) tagATTGCGTCGTCGTTCGAGTCTT‑CGGGGGTTTTGGGAGTGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTTGCCTGCGCGGCGCGCTTCTCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCGACGCTCTCGCGCTGACG‑CTCAAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:610104/237‑1 (MQ=11) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTAGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGCACCTTAGCCGAAGCTTCCCATCCCTCCCCGCATTGGCAGAATATTTGTTTGGGGACTCGGTTCAGCGTTCAGGGCCTTTTGAGAGCGATGGTGGTGGGGGCAGGAGTAc > 2:858186/1‑238 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CCCGAGCCGAACCTTAGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGTATATTTGTGTGCGGGTTGGCTAGGAAGGTCAGGGAGTTTTGAGAGTTATGGCGGTGGGGGAAGGATTaa > 2:1056210/1‑237 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTTGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGGATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGCGTTCAGGGGCTTTTGAAAGGGAtgggggtggggggtggtttgg > 2:364363/1‑229 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCTTTCGGGTCGTTGCATGTGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGGCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATGCTTGCCCGCATGGGCAGGATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGAGGTGGGGGAAGGAttggtcc > 2:512704/1‑234 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGCACCTTAGTCGACTCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAGTATTTACTTTCGGACTCGCTTGCCAGCTCAGAGCTTTTTGATAGTGCTGGTGGTGTGGGAAAGAtgccttt > 2:732061/1‑233 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGTTTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa > 1:408097/1‑239 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa > 2:1336240/1‑239 (MQ=255) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGAGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCgggg > 2:1176690/1‑199 (MQ=11) tgcggttatcactgaggT‑GATTGTGGTGGGGGAAGAGCTACCTAGCGCTGCGCGCTTCTATCTGCGTGGTGTTGCGTGAGGCAACGGTCTCTCTCTGCCG‑CTCGAGCCGAAAGTTAAGCATAGCGTGTCATCGTTACCCGCATGGGCATAATATGTGATTGCGGATGCGGATGAGAGTTCAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc < 2:147095/223‑1 (MQ=9) tCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGc > 1:133776/1‑238 (MQ=255) tttGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTccc > 1:588228/1‑129 (MQ=17) ttGAAGGG‑GATGGTGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCCCTCGCCGCTCGGCCGTTGCGGCCGTTGCCTGCAGGAGCGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCGAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 2:587823/239‑1 (MQ=11) ttGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 1:1234501/239‑1 (MQ=255) aGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa > 1:207637/1‑135 (MQ=37) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa > 2:1216862/1‑115 (MQ=17) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTGGGGAGTTCAGGGACTGTTGATAATGATCGTGGTGGGCTGAGGGTTACTCGGGGGTTCGCGCTTCGCCCTTCGGTCCCTTTCCTGGGCGAACGctctcgc > 2:227990/1‑236 (MQ=14) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCcctctc > 1:781658/1‑238 (MQ=255) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGACTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGCACCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGAATGGTCCCACTATTTACTTGAGGACTCGATTAACCGATCAGGGACTTTGTAAAGTGGTGGTGGTGGGAGCAGGATTACCTAGCGCTGCGACGATCCCCCATCGGCACCTTGCCTGCgggcaccacccccgg > 2:1121297/1‑226 (MQ=9) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCt < 1:1336240/239‑1 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 1:23915/1‑239 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 1:786877/1‑239 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCCCTTGGGCCGACTATTTGATTGGGGGATCGCTTAAGTGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCCTCGCCCTTTGGGTCGTTGCGTGCGGCACCGCTCTCTCGCCgggccccggg > 2:861456/1‑231 (MQ=14) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:958987/169‑1 (MQ=255) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa > 2:958987/1‑169 (MQ=255) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAg > 1:733456/1‑238 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTAAGAGCTGCGCGCATCGCGCTTCAGGTAGTGGCCGGAGGCCACGGTCTCTCGCGGgcgccccagccgg > 2:1271486/1‑229 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGa > 1:394284/1‑238 (MQ=255) cTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCGAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCACTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCATCGGTCTCTCGCGGGCGCTCgcgcgggacat > 2:1015567/1‑228 (MQ=11) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCG‑CTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGaa < 1:861456/239‑1 (MQ=255) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGCCGaa < 1:858186/239‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCG‑CTCTAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCTCCGTTTGGGCGGAATGTTTGATGGCGGATTCGGTTGAGATTTTAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 2:166631/239‑1 (MQ=11) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTcc > 1:339078/1‑238 (MQ=255) gccttcccGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTGGTCGAAGCGTCTCACCCTTCCCCGCAGGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:16124/232‑1 (MQ=255) gCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:23915/239‑1 (MQ=255) tgtcgcgcgGACG‑CTCGAGCCGATCTTTAGTCGAAGGTTCTCATCCTTCTGCGCATGGGAAGGATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:408097/234‑1 (MQ=14) tctctcGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:133776/239‑1 (MQ=255) tctctcGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:339078/239‑1 (MQ=255) tctcGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGa < 1:236383/239‑1 (MQ=255) gACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGCGAGATCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGAGCGGTTCGCCCTTGGGTTAGGTGGCTGCGGCCACGCTCTCTCGTCGGCGCTCGAATGGGACCTTGACAGAGTCATGTCATCCTTcctctgctgggaagggacactc > 2:146979/1‑219 (MQ=18) gACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTc < 1:1043585/84‑1 (MQ=255) gACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTc > 2:1043585/1‑84 (MQ=255) g‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGCTTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGCGGGAAGGTTTACTCAGCTCTCCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGTCGAACCTTGGCCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATActtcaat > 2:63994/1‑235 (MQ=14) g‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAAtt > 1:187063/1‑239 (MQ=255) gAGCCGAAACGGGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCAACGCAGGGGCAGAAGATATGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTGAGGGATTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCgg < 1:525825/239‑1 (MQ=14) ttAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAGTTGATTGCGGATTCGCTTGAGACTCCTGGGACTTTTGAAGTTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:227990/239‑1 (MQ=255) tAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATGTGATTGCGGATTCGCTTGATAGTTCAGGGACTCTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGa < 1:126374/239‑1 (MQ=255) | CCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGT‑GATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACG‑CTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGA > NC_000913/1286750‑1287220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |