Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,398,511 | A→T | 3.0% | F38I (TTT→ATT) | uspE ← | stress‑induced protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,398,511 | 0 | A | T | 3.0% | 514.3 / 4.7 | 132 | F38I (TTT→ATT) | uspE | stress‑induced protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/74); new base T (2/2); total (56/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-01 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GCGCCATTTTTAGCACCAAATCGTGTCCGCCGCTGATCACTTCCTGAATGATGGCTTCGAAAGGACGGTTATGCCAGACCACTTTAATTTCAATGGGAACGCCAGCATTGAGATAATATTTTGCCTGCTCGTGGATCCAGGCTGTACGCTGGCTGATGACGCCCTGACGCATAGCGGTACGTTCGTCCGGGGAGAGCAGGGTGGTCATTTCGTATGAGAAGTCATAGATCGGCAAAAAGGCTTTAATTTTGCCACCAATCCGTTGATGTAAATAAACAGCTCGCCGCAATGCTGGTTGGTCGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATTAACCCATATCTGGTGAATGAAACAGTGATGAACCTTCTGCCAGATCAATAAATCAGAAAAATTTAATGATATGACAGA > NC_000913/1398274‑1398749 | gcgcCATTTTTAGCACCAAATCGTGTCCGCCGCTGATCACTTCCTGAATGATGGCTTCGAAAGGACGGTTATGCCAGACCACTTTAATTTCAATGGGAACGCCAGCATTGAGATAATATTTTGCCTGCTCGTGGATCCAGGCTGTACGCTGGCTGATGACGCCCTGACGCATAGCGGTACGTTCGTCCGGGGAGAGCAGGGTGGTCATTTCGTATGAGAAGTCATAGATCGGCAAAAAg > 1:10236/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |