| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,465,429 | Δ1 bp | 4.4% | pseudogene (38/2513 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog, interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,465,428 | 0 | T | . | 4.4% | 334.0 / 5.7 | 91 | pseudogene (37/2513 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog, interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/28); new base . (2/2); total (61/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
TAATTTATATTATATACACAATTTATATATTTCATGGTCTTTTTTTATTCACCTGAATTATAATTGTGAATTATAGGAAAGTATGTTTGATTAGATAATAATCTACTGGCAATATTGGATGTCTTCTATGTTTTAAATAACTAATTGGTCGGGTTAGTGCATCCGGCTTTCTTTATATTCGCCAGAAGGATTTATTATGCAAAGGAAAACTCTATTGTCGGCCTGTATTGCATTAGCTCTGAGTGGTCAGGGTTGGGCGGCAGATATCACAGAGGTAGAAACCACCACAGGTGAAAAGAAAAATACCAATGTGACTTGTCCGGCAGACCCAGGAAAACTCAGTCCGGAAGAGCTTAAACGCTTACCCTCTGAATGCTCTCCTTTAGT‑CGAACAAAACCTGATGCCATGGCTTTCCACAGGCGCTGCTGCGTTAATCACGGCCTTAGCCGTAGTGGAACTAAACGACGA > NC_000913/1465196‑1465663 | tAATTTATATTATATACACAATTTATATATTTCATGGTCTTTTTTTATTCACCTGAATTATAATTGTGAATTATAGGAAAGTATGTTTGATTAGATAATAATCTACTGGCAATATTGGATGTCTTCTATGTTTTAAATAACTAATTGGTCGGGTTAGTGCATCCGGCTTTCTTTATATTCGCCAGAAGGATTTATTATGCAAAGGAAAACTCTATTGTCGGCCTGTATTGCATTAGc > 1:265313/1‑237 (MQ=255) aTTTATATATTTCATGGTCTTTTTTTATTCACCTGAATTATAATTGTGAATTATAGGAAAGTATGTTTGATTAGATAATAATCTACTGGCAATATTGGATGTCTTCTATGTTTTAAATAACTAATTGGTCGGGTTAGTGCATCCGGCTTTCTTTATATTCGCCAGAAGGATTTATTATGCAAAGGAAAACTCTATTGTCGGCCTGTATTGCATTAGCTCTGAGTGGTCAGGGTTgg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |