Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,022,874:2 | +C | 3.0% | coding (259/270 nt) | fliQ → | flagellar biosynthesis protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,022,874 | 2 | . | C | 3.0% | 575.8 / 9.9 | 134 | coding (259/270 nt) | fliQ | flagellar biosynthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (73/57); new base C (2/2); total (75/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GATGGGGACTGAAGCGATGAAAGTCGCGCTGGCACTGGCTGCCCCGCTATTGTTGGTAGCGTTGGTCACGGGCCTTATCATCAGTATTTTGCAGGCCGCCACGCAGATTAACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATA‑‑TCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGG > NC_000913/2022639‑2023112 | gatgGGGACTGAAGCGATGAAAGTCGCGCTGGCACTGGCTGCCCCGCTATTGTTGGTAGCGTTGGTCACGGGCCTTATCATCAGTATTTTGCAGGCCGCCACGCAGATTAACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATa‑‑tca < 1:84336/239‑1 (MQ=255) 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GATGGGGACTGAAGCGATGAAAGTCGCGCTGGCACTGGCTGCCCCGCTATTGTTGGTAGCGTTGGTCACGGGCCTTATCATCAGTATTTTGCAGGCCGCCACGCAGATTAACGAAATGACGCTGTCGTTTATTCCGAAAATCATCGCCGTATTTATCGCCATTATTATTGCCGGACCGTGGATGCTCAATCTGTTGCTGGATTACGTCCGCACCTTGTTCACTAACCTGCCGTATA‑‑TCATCGGGTAGCCGTACTATGTTGCAGGTGACAAGCGAACAATGGCTATCCTGGTTAAACCTGTACTTCTGGCCGTTACTGCGCGTGCTGGCGCTGATCTCCACCGCGCCGATTCTGAGCGAACGCAGCGTACCGAAACGGGTAAAACTGGGTCTGGCAATGATGATCACGTTCGCCATTGCCCCATCATTACCTGCCAACGATGTTCCTGTTTTTTCGTTCTTTGCTCTGTGGCTGG > NC_000913/2022639‑2023112 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |