New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1543057 = | 105 (0.750) | 4 (0.030) | 4/416 | NT | 3.6% | coding (1004/1389 nt) | narU | nitrate/nitrite transporter |
? | NC_000913 | 1544070 = | 113 (0.840) | intergenic (‑10/+314) | narU/yddK | nitrate/nitrite transporter/pseudogene, leucine‑rich protein, putative glycoportein |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTAATAAAAAGAGTTGATCGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGAAAAAAAGACAAAACACGAGGTAAGGCGCAATAGCCAGTTATTAGAATTAAGGATGAATTGGGTGAAGTGCTGATTGAAAGAATAGATAAGAAAGCGTAACCGCGGGGGCAGAATGGGGATTAAGTAGCCAGATATGTGTTACTAAATGTAACTAACAAGCTAACCTTCAAACGGGGTTAATCTTTGAACGTATGTCATGTTTCAACCCTTCAGATCG > NC_000913/1543835‑1544308 | ttAATAAAAAGAGTTGATTGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTcaca > 1:1007257/1‑239 (MQ=255) ttAATAAAAAGAGTTGATCGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTcaca > 2:1124306/1‑239 (MQ=255) ttAATAAAAAGAGTTGATCGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTcaca > 2:19190/1‑239 (MQ=255) aataaAAAGAGTTGATCGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACAt > 1:455364/1‑238 (MQ=255) 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aaaaTTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGTTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATGTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGaaaaaa < 2:518040/237‑1 (MQ=255) aaaaCCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCACTATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCAGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGAAAAAATGACaaa > 2:374150/1‑238 (MQ=255) aaaaCCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGca > 2:35106/1‑212 (MQ=255) aaaaCCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGca < 1:35106/212‑1 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aTTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGAAAAAAAGACAAAACACGAGGTAAGGCGCAAt > 2:1281694/1‑239 (MQ=255) ttAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGAAAAAAAGACAAAACACGAGGTAAGGCGCAAt < 2:1007257/238‑1 (MQ=255) tAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCAGACACAGAAGGCAAGAAGTAGACAACTGACTGATATCCAGAGATTTCTTCGAGCAATATGTTTTCCTTTATTTTCCCAGAAGGCCGGATTTTCTGGTTTCCAGTCGCGCAAAAGATAACGACTATTTTTCTCATTTTGCAGTGCCATATTGTTCCTCACATGCACACATTGGTAATGAAAAAAAGACAAAACACGAGGTAAGGCGCAATAg < 2:83913/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |