| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,160,853 | C→T | 65.4% | intergenic (‑64/‑270) | sthA ← / → fabR | pyridine nucleotide transhydrogenase, soluble/transcriptional repressor of fabA and fabB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,160,853 | 0 | C | T | 65.4% | 169.1 / 122.9 | 130 | intergenic (‑64/‑270) | sthA/fabR | pyridine nucleotide transhydrogenase, soluble/transcriptional repressor of fabA and fabB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/27); new base T (35/50); total (53/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TGACGGAGAGCTTTCGACGGGATGGTGCCCCAGTGGGTGCAACCGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTGCGACGCGCGCACCTTGCTTAACCAGGCCCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAACCTATTACTATGGCATCGTAATCGTAGGAATGTGGCATGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATACATAAAAGCAACAGAATGGTAACATTTTATCGCGGGTAAGCCAATTGATCCCCGTCATTTATCTGGCTATATCCTGAGCGGCCTTTGCTTTGTCTGTTTCTTACTTTTGCCCTGACGTTTTATTGGATTTTTATCGACGATACTCTCCGTTTAAGCGGCAGGTTTCCGCTGTACGTAAAAGAACCGGCCAAAGAATTGCAGTAAATATGTTTTATTGCGTTACCGTTCATTCACAATACTGGAGCAATCCAGTATGTTCATTCTCTGGTATAGTGC > NC_000913/4160617‑4161088 | tGACGGAGAGCTCTCGACGGGCTGGTGCCCCAGTGGGTGCAACGGCCGCCAACATTTTGATAACGCTCGATAACTCAGACGCGCGCACCCTGCTTAACCAGGACCATTGCAGCGCCTTCGCCGCCGGGGCCGGAGCCTATTACTATGACATCCTAATCGTAGGAATGTACCCTGGTAGGGCTTACCTGTTCTTATCCATACAACCACCAGAATGGTCACATTTTCTTGCGGGTAAGcc > 2:273851/1‑238 (MQ=255) 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NC_000913/4160617‑4161088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |