Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,228,163 | A→G | 14.0% | E145G (GAG→GGG) | yjbB → | putative Na+/Pi‑cotransporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,228,163 | 0 | A | G | 14.0% | 362.8 / 7.4 | 136 | E145G (GAG→GGG) | yjbB | putative Na+/Pi‑cotransporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/66); new base G (16/5); total (63/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTCCTCGGACGCAAACA‑GTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGT‑CGGTATTGGTCTTGGGCTGATTTTGCTAGCGCTGGAGTTGATTGTGCAGGCCGTAACGCCGATCACCCAGGCAAACGGCGTTCAGGTGATCTTTGCCTCGCTGACCGGCGATATTCTGCTGGATGCGCTGATTGGCGCGATGTTCGCCATTATCAGCTACTCCAGCCTTGCTGCTGTACTGCTGACCGCGACTCTGACCGCCGCAGGCATTATCTCCTTCCCCGTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCT > NC_000913/4227925‑4228394 | aTGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGACTTATCCTGGCTGTCACCGTTACTTATTTTTATCGGCGTGATTTTTTTCCTCGGACGCAAACA‑GTCACGCGCCGGGCAACTGGGCCGCGT‑CGGTATTGGTCTTGGGCTGATTTTGCTAGCGCTGGa < 1:733866/239‑1 (MQ=255) 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NC_000913/4227925‑4228394 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |