| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,419 | 0 | T | C | 3.3% | 416.7 / 2.4 | 121 | intergenic (+60/‑99) | proY/malZ | proline‑specific permease/maltodextrin glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/72); new base C (2/2); total (47/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCAAATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGGCTATGGCAAGGTGATCAGATTTTCATCACAGGGGAATTATGATGTTAAATGCATGGCACCTGCCGGTGCCCCCATTTGTTAAACAAAGCAAAGATCAACTGCTCATTACACTGTGGCTGACGGGCGAAGACCCACCGCAGCGCATTATGCTGCGTACAGAACACGATAACGAAGAAATGT > NC_000913/422186‑422656 | ggggTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTGCTCTTTATTATCGGGTTGATTGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGCTGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGc < 1:76573/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |