Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,034,446 | T→C | 2.6% | I398T (ATC→ACC) | hyaB → | hydrogenase 1, large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,034,446 | 0 | T | C | 2.6% | 644.3 / 2.9 | 185 | I398T (ATC→ACC) | hyaB | hydrogenase 1, large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (97/80); new base C (2/3); total (99/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CCTGGCGGCGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTAGGCCGCATTTTGTGCCGCGCGCACGAAGCGCAGTGGGCCGCAGGTAAGTTGCAGTATTTCTTCGACAAGCTGATGACCAACCTG > NC_000913/1034217‑1034684 | ggcggcGCGGTGATTAACGGCGACTTCAACAATGTGCTGCCAGTGGATTTGGTTGATCCGCAGCAGGTGCAGGAGTTTGTCGACCACGCCTGGTATCGATATCCCAACGATCAGGTCGGGCGTCATCCGTTCGATGGCATCACCGACCCGTGGTACAACCCCGGCGATGTCAAAGGCAGCGATACCAACATTCAGCAGCTGAATGAACAGGATCGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACg < 2:481521/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |