| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,669,930 | T→C | 2.8% | S78P (TCC→CCC) | ynfM → | putative arabinose efflux transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,669,930 | 0 | T | C | 2.8% | 546.1 / 2.0 | 149 | S78P (TCC→CCC) | ynfM | putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/59); new base C (2/2); total (87/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GAGCCGTACTACAACTGTTGATGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCACGGCGATGTTGGCTATTGGTTTGCTGTTTACTGGCCCGCTATCCGATGCCATTGGTCGCAAACCAGTGATGGTCACGGCGCTACTGTTGGCCTCCATTTGTACGTTACTTTCGACAATGATGACCAGCTGGCACGGCATTTTGATTATGCGCGCCTTGATTGGGCTTTCGTTAAGTGGCGTGGCAGCTGTTGGCATGACTTATCTTAGCGAGGAAATCCATCCCAGTT > NC_000913/1669701‑1670167 | gAGCCGTACTACAACTGTTGATGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTcc > 1:22383/1‑238 (MQ=255) aGCCGTACTACAACTGTTGATGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGACCATTTCCAc > 2:1165807/1‑239 (MQ=255) aGCCGTACTACAACTGTTGATGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCACGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCAc > 1:853761/1‑239 (MQ=255) aGCCGTACTACAACTGTTGATGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGCCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCAc > 1:429582/1‑239 (MQ=255) 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tGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCACGGCGATGTTGGCTATTGGt < 2:564046/238‑1 (MQ=255) tGGCGCTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCACGGCGATGTTGGCTATTGGt < 1:1266572/238‑1 (MQ=255) cgcTCCGGCAAGCGACACTGACAAGCAAAGCATTTCTCAGCCAAATCAATTTATTAAACGCGGTACGCCGCAATTTATGCGCGTCACCCTGGCGCTGTTCTCTGCCGGACTGGCAACATTTGCACTTCTCTATTGTGTGCAGCCTATCCTTCCGGTGCTTTCGCAGGAGTTTGGCTTAACCCCCGCGAACAGTAGTATTTCACTGTCCATTTCCACGGCGATGTTGGCTATTGGTTTg < 2:917327/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |