| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,697,739 | T→G | 15.2% | V428G (GTG→GGG) | bcsE → | cellulose production protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 15.2% | 374.7 / 7.1 | 155 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/82); new base G (26/2); total (71/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAGCTGGTGCAGATGCGCTTGCTTGCCCCAGAACAATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697503‑3697976 | aGATATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGTCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑Tg < 2:438934/238‑1 (MQ=255) aCTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTtct < 1:1168480/239‑1 (MQ=255) ccTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCa < 1:434363/239‑1 (MQ=255) cTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCAt < 1:1268638/239‑1 (MQ=255) ttGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCAtt < 2:80491/239‑1 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATAGGCTGG‑GGCTGCTTTTCTCactt > 2:965873/1‑236 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGCAAATGGCTTG‑TGCTGTTtttctcct > 2:1283409/1‑235 (MQ=255) cTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCAt > 1:316789/1‑235 (MQ=255) cTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑GGCTGTTTTTCTCATTTTg > 2:884945/1‑239 (MQ=255) tGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGt < 1:657624/239‑1 (MQ=255) gACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 2:1052621/239‑1 (MQ=255) gACCCAGCCGCTAAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTa < 1:199715/239‑1 (MQ=255) cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 1:596215/239‑1 (MQ=255) cccAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAAc < 1:1202898/239‑1 (MQ=255) aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCCGTTTCTTTCATTCCTTCGGAtttaagg > 2:1332159/1‑233 (MQ=255) aGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCCGG‑GGCCGTTTTTCCCATTCTTGCGGGTTAAAGAt > 2:635647/1‑239 (MQ=255) cGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGAt < 2:1281153/236‑1 (MQ=255) aaaCAGCGTGGTGTTCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAAGGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCACACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAc < 2:350591/239‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATATCCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTGCGTCCGGTACCGGTTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑cgcg < 2:1311613/239‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑cgcg < 2:1312930/239‑1 (MQ=255) cGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCCGGTTCTTTCCTTCTTTCGGATTTAACATCCGGATAC‑CCCGtt > 2:1198374/1‑239 (MQ=255) cGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAAACGGCTGG‑GGCCGTTTTTTTCCTTCTGTGGGATTAACGATCTGGATAA‑CGCGtt > 1:1480485/1‑239 (MQ=255) ggTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGaa < 1:514153/239‑1 (MQ=255) ggTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGaa < 2:523023/239‑1 (MQ=255) ccAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGCAATCGGCTGGCGGCTGTTGCTCT‑ATTCTGTTAGGTTAACGagcctggacccgggtttgactcat > 2:726369/1‑216 (MQ=255) 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2:465527/238‑1 (MQ=255) tAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGGTAC‑CGCGGTGAATCCTATTTTCCCATTGCCTACTGGCg > 1:774943/1‑239 (MQ=255) tAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑GGCTGTTTCTCTCCTTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGGATTATATTTTTCCATTGCCTACTGGc > 1:759325/1‑238 (MQ=255) ccGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTTTCTCATTTTGTTGGATTTACGATCCTGGTAA‑CGCGTTGGATCACATTTTCCCCTTTCCCTCTGGCGGCAtt > 2:1476024/1‑239 (MQ=255) 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aacaacATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCTGCGATATCATGCCCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTTCTTCATTCTGACGGAATAACGACCTGGTTAC‑CGCGTTTGATCATATTTTCCCATTCCCTTCTGGCGACAttttt > 1:1113749/1‑236 (MQ=255) aacaacATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTtctc < 2:67673/239‑1 (MQ=255) aacaacATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTtctc < 2:831268/239‑1 (MQ=255) acaacaTGATGAATACCCCTCTAGTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGGCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCa < 1:965873/239‑1 (MQ=255) caTGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑GGCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGGTTAAAGATCTGGGTAC‑CGCGTTTAATCATTATTTCCCATTTCCTACTTGCGCAATTTTTTCAAAc > 2:1092794/1‑238 (MQ=255) aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 1:746449/238‑1 (MQ=255) aTAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTc < 1:570294/239‑1 (MQ=255) aTAACACTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCGCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAATCATATTTTCCCATTGCCTACTGGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGt < 1:807683/238‑1 (MQ=255) ctATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑cgcg < 1:177277/177‑1 (MQ=255) tATTACCTGCCCACGGTAAGGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGG‑TGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGCTTAACGGTCTGGTTAC‑CGCGTTGTATCATATTTTCTCATTTCCTTCCGGCGACCTTTTCTCTAACCCTCTGGttctgttttt > 2:199815/1‑229 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |