| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,745,021 | C→T | 16.3% | G73G (GGC→GGT) | yiaN → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,745,021 | 0 | C | T | 16.3% | 177.5 / 12.5 | 116 | G73G (GGC→GGT) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/51); new base T (2/15); total (49/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGGGCGGCTTG‑TCAAAACGCA‑TTGTTGAC‑CTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTC‑GGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGA‑G‑CCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCG‑CCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGGCTGATTGCCTCTGGCGGCATTATCGCGCCAATTATTCCCCCT > NC_000913/3744783‑3745258 | ccACCGCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCCTATTGCCTGGGCACTGTTGTTGTGCGGGGCGGCGTTAATGTTCTGGCTGGACATGTTTGATGTCCAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCT‑GGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGC‑GGGTGAAATCATG‑AATGCGggcggc < 1:1177438/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |