| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,706,004:1 | +G | 3.8% | coding (238/582 nt) | rsxA → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component, inner membrane protein of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,706,002 | 1 | . | G | 3.8% | 682.2 / 18.0 | 159 | coding (236/582 nt) | rsxA | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component, inner membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (77/76); new base G (4/2); total (81/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |