New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3736307 = | 213 (1.360) | 4 (0.030) | 4/402 | NT | 2.1% | noncoding (155/171 nt) | REP268 (repetitive extragenic palindromic) element, contains 4 REP sequences | REP268 (repetitive extragenic palindromic) element, contains 4 REP sequences |
? | NC_000913 | 3736339 = | 165 (1.120) | intergenic (+183/+13) | xylR/bax | xylose divergent operon transcriptional activator/putative glucosaminidase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
TGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTGGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTGAATCATCGCTGTGGCAGTCACTTCCTGATCCGCTTTACGCAGCTGCGCACGCGATTTACGGAACGAAGAGTAAGCCGGGTGCGTATTCAGGTTAGTGACATAGGCGCTCACCGATTCTTTGACAGAA > NC_000913/3736105‑3736577 | cacGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGaaa < 1:516906/239‑1 (MQ=255) cacGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGaaa < 1:1009429/239‑1 (MQ=255) cacGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGaa < 2:1555055/238‑1 (MQ=255) ccAACAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGCGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGTACGCCTTATCCCGCCTACCCGCCAGGCCTGGCAAACCGCACCACCAACGCTTCCAGCTCGGAGCACCACTGCCTGGCACCAAGGAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAACACGGAAAAAGCACCAGGAAAAGCAAtt > 1:1107329/1‑239 (MQ=255) gTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgc > 1:987783/1‑239 (MQ=255) tATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgc > 2:1154255/1‑238 (MQ=255) aTCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgcg < 1:84612/238‑1 (MQ=255) tCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGcgcc < 2:388557/239‑1 (MQ=255) tGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGAtt < 2:57761/239‑1 (MQ=255) tAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTa > 2:1052130/1‑238 (MQ=255) 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atggTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAg < 2:925031/236‑1 (MQ=255) aTTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTa < 1:900427/239‑1 (MQ=255) tttccgccgccacaTCGGGTACCGCTGCGTGGATATCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACGTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAgt < 1:249580/229‑1 (MQ=255) 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aGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTGGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTGAATCATCGCTGTGGCAGTCACTTCCTGATCCGCTTTACGCAGCTGCGCACGCGATTTACGGAACGAAGAGTAAGCCGGGTGCGTATTc > 2:1671619/1‑239 (MQ=255) aGTAAAAAGCCTTAT‑CCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTGGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTGAATCATCGCTGTGGCAGTCACTTCCTGATCCGCTTTACGCAGCTGCGCACGCGATTTACGGAACGAAGAGTAAGCCGGGTGCGTATTc < 2:1524959/239‑1 (MQ=255) aaGCCTGAT‑CCTACTTACAAGTCAGATAAGGTCCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGTTTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGCTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTCGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTTAATCATCGCTGTGGCAGTCACTTCCTGATCCGCTTTACGCAGCTGCGCACGCGATTTACGGAGCGAAGAGTAAGCCGGGTGCGTATTCAGTTTa < 1:1165082/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |