| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,800,639 | C→T | 3.3% | R109Q (CGG→CAG) | waaY ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,800,639 | 0 | C | T | 3.3% | 467.1 / 4.2 | 125 | R109Q (CGG→CAG) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/66); new base T (2/2); total (57/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAACGTAAGGTTTTCCGTTCAGCCAATAAATAAAAGTCATTGAGTGTATTTAACCCTTCATTTCGTACTTTTTGGGTTTGCTCAAAAAGGCGTTCGTAATAATCACCTTTTAACAGAGACTTAAAGAAACGTTCGTTACGCTTAACTTTCGGAGAAAAAACCTTAAGAATCAATTTACCGTAATCGGTATCAATAAGCATAACTTTTGTATCATCAATAGAACGAAAAACCTTGATGATATTTATATTATAA > NC_000913/3800403‑3800875 | tACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGTTGTAAGCCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCTTCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATAAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGACCAAAACGTAAGGTTTTCGGt > 2:520446/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |