| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,142,657 | C→G | 6.9% | G43G (GGC→GGG) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,142,657 | 0 | C | G | 6.9% | 499.9 / 3.5 | 180 | G43G (GGC→GGG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/96); new base G (12/2); total (82/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
AAAGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGGCGCAGTGCCGGATGCCGTAGCCGATCCAAA‑TCTGAAAAAACTGTTTGATATCGGCGTTGC‑GGGCTTGACGCTGATGGTG‑CCTTTCCTCGCAGCGTACA‑TCGG‑TTATTC‑CATTGCAGAGCGTTCTGCGCTGGCTCCGTGCGCTATCGGTGCCTGGGTTGGTAACAGCTTTGGTGCGGGCTTCTTTGGTGCACTGATCGCCGGGATTATCGGCGGCATCGTGGTGCATTACCTGAAGA > NC_000913/4142420‑4142892 | aaaGTCCAGTAAATGGCCTTTTTATCCACTGTTTGCTCCGCCTGCGATTGCCTATTGTTTCCTCCATCAAAAATATGGACATGGGCTTTC‑GCAAGCCCGGGAGCAGCTTATGAATGA‑GTTGGTGCAGATCCTGAAAAATACCCGTCAGCATTTAATGACGGGCGTTTCACACATGATTCCCTTCGTGGTATCGGGCGGTATTTTGCTGGCGGTTTCCGTCATGTTGTATGGCAAAGgcg < 2:265856/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |